r - 在 R 中计算频率

Question

我的数据集是这样的:

genera
             Genus Location Number
    1                             NA
    2    Terriglobus       CC      1
    3    Terriglobus        N      5
    4 Acidobacterium       CC      2
    5 Acidobacterium        N     12
    6   Edaphobacter       CC      0

我想做两件事 1) 删除任何列中具有任何 NA 的行和 2) 计算每个属在两个位置、CC 和 N 中的频率。

我一直在尝试使用

AB<-genera[genera[, "Location"] == "CC", ] #to keep all separate the rows by location 
CD<-genera[genera[, "Location"] == "N", ]

我想使用表或 prop.table 并分别计算频率，但我遇到了困难，因为我只是得到 NA NA NA NA NA NA NA

非常感谢任何帮助。

Answer 1

prop.table 需要一个表对象开始:

 prop.table( table(genera$CC) )

如果“Number”是一个计数，那么您可能希望tapply 的总和为Number。也许沿着这些思路:

prop.table( with(genera, tapply(Number, CC, sum) ) )

xtabs 也可以进行求和:

 prop.table( xtabs( Number ~ CC, data=genera) )