R中的逐行相关

Question

我有两个大小相同的矩阵。我想计算这些矩阵中每对行之间的相关系数； A 的第 1 行与 B 的第 1 行，A 的第 2 行与 B 的第 2 行等。

A <- matrix(runif(1:200), nrow=20)
B <- matrix(runif(1:200), nrow=20)

我能想到的最好的就是

ret <- sapply(1:20, function(i) cor(A[i,], B[i,]))

但它的效率非常低(矩阵有数万行)。有没有更好更快的方法？

Answer 1

这应该很快:

cA <- A - rowMeans(A)
cB <- B - rowMeans(B)
sA <- sqrt(rowMeans(cA^2))
sB <- sqrt(rowMeans(cB^2))

rowMeans(cA * cB) / (sA * sB)