perl - 仅从 fasta 文件中提取第一个序列

Question

我只想从多个序列的 fasta 文件中提取第一个序列。我在下面有这段代码，但我无法让循​​环恰到好处地相互配合。

while (my $line = <$in_fh>) {
    chomp $line;
    for (my $i = 1; $i <= 1; $i++) {
        print $out_fh $line;
    }
}

close $out_fh;

我认为它在 while 循环中混淆了，但无论我尝试什么，它都不正确。例如，我尝试将 for 循环移到外面，但它没有用。它是循环的类型吗？非常感谢大家的指点。

Answer 1

如果您只需要输入文件的第一行，则不需要 while 循环。

my $line = <$in_fh>;
print $out_fh $line;

编辑:

在研究了 FASTA format 之后，我认为它足够复杂，您不应该手动解析它。相反，您应该使用 BioPerl .

编辑 2:

这是一个使用 BioPerl 的工作示例:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;

my $fasta_file = shift @ARGV or die "Usage: $0 FASTA_FILE\n";

my $seqin = Bio::SeqIO->new( -format => 'Fasta', -file => $fasta_file )
  or die "can't load fasta file: $fasta_file\n";

my $seqobj = $seqin->next_seq();

my $sequence = $seqobj->seq();

print $sequence;