Rcpp:无法打开共享对象文件

Question

我正在尝试开发一个 R 包，它使用 Arrayfire ，感谢 Rcpp 库。
我已经开始编写示例代码(我们将其命名为 hello_world.cpp )，如下所示:

#include <arrayfire.h>

// [[Rcpp::export]]
bool test_array_fire(){
    af::randu(1, 4);    
    return true;
}

然后，我尝试使用 sourceCpp 编译它。功能

Rcpp::sourceCpp('src/hello_world.cpp')

我的第一个惊喜是我必须手动设置一些标志( sourceCpp 在编译一段 C++ 代码时似乎忽略了 Makevars 配置)。
我这样做了:

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-std=c++11")
Sys.setenv("PKG_CPPFLAGS"="-I/opt/arrayfire/include/")
Sys.setenv("PKG_LIBS"="-L/opt/arrayfire/lib64/ -laf")

但是，代码仍然无法正确编译。每个试验以以下输出结束:

Error in 'dyn.load("/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so")':
unable to load shared object '/tmp/RtmpHaODIU/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_689c5adb8d/sourceCpp_14.so':
  libaf.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

不幸的是，我找不到我的问题的解决方案(即使某些 Stack Overflow 问题引起的问题乍一看或多或少相似)。

我该如何解决？

Answer 1

当 R 尝试加载共享对象文件时，该错误在过程中很晚才发生。这意味着在您设置的环境变量的帮助下，编译和链接工作正常。但在最后一步，运行时链接器不知道 libaf.so.3 的位置。位于。这是一种通常在操作系统级别执行的配置，例如在我的系统上

ralf@barra:~$ /sbin/ldconfig -p | grep libaf
        libafopencl.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so.3
        libafopencl.so (libc6,x86-64) => /lib/libafopencl.so
        libafcpu.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so.3
        libafcpu.so (libc6,x86-64) => /lib/libafcpu.so
        libaf.so.3 (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so.3
        libaf.so (libc6,x86-64) => /lib/libaf.so

如果我尝试您的示例，它与链接到 libaf 的共享对象文件没有问题。 :

ralf@barra:~$ ldd /tmp/RtmpcjY9dN/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-1.0.2/sourcecpp_13d33790279c/sourceCpp_7.so | grep libaf
        libaf.so.3 => /lib/libaf.so.3 (0x00007f21037ed000)

我希望在您的情况下，第一个命令不会提供任何结果，而第二个(调整后的)命令将导致“找不到文件”(？)错误。

有几种方法可以告诉运行时链接器库的位置:

编辑 /etc/ld.so.conf或(更好)将文件放入 /etc/ld.so.conf.d/ , 引用http://arrayfire.org/docs/installing.htm#Linux .

设置 LD_LIBRARY_PATH .

添加 -Wl,-rpath,/opt/arrayfire/lib64/至PKG_LIBS

将 ArrayFire 安装到链接器默认搜索的目录中。这就是我正在做的，因为我从源代码编译并使用 resulting DEB packages .

至于 Rcpp::sourceCpp不尊重 Makevars file:问题是你写的C++文件不能直接使用。相反，Rcpp 属性必须创建额外的包装函数，这是在临时目录中完成的。现在原则上可以复制 Makevars文件也进入该目录。但是，通常在 Rcpp::plugins 的帮助下设置此类变量。和 Rcpp::depends属性。例如，使用 // [[Rcpp::plugins(cpp11)]] 打开 C++11 .对于其他变量，您可以编写自己的插件，也可以使用我的 RcppArrayFire 提供的插件。 .

但是，如果这是您的目标，我建议您从一个包开始。 Rcpp::sourceCpp对很多事情都很好，但是在没有 R 包帮助的情况下与系统安装的库进行交互并不是其中之一。