r - 如何在 R 中运行 lmer 诊断图？

Question

我尝试在 lmer 模型上运行诊断图，但始终碰壁。我不确定我需要在这里提供多少信息，但这里是:

模型很简单:

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine). 

MSV_mm 是数字(口鼻孔长度)，Size_treat 是一个有 4 个级别的因子:连续、大、中和小。 Rep、Patch 和 Trap 是随机效果。

当我运行plot(best)时，我收到以下错误消息:

"Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

我认为这与 lmer 函数有关。我已经在网上搜索过，但还没有找到这个问题的答案。这是一个lmer的事情吗？

Answer 1

我可以使用 lme4.0 重现此错误，它相当于 CRAN 的 lme4 的早期版本(1.0.0 之前)。如果您使用 CRAN 的最新 lme4(截至 2013 年 10 月版本 1.0-4)，应该会发生以下情况:

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
plot(fm1)

尽管 plot.merMod 未导出，但它已记录在案 (?plot.merMod)，您可以通过 lme4:::plot 查看它。 merMod (或 getAnywhere("plot.merMod"))。

如果您想使用早期版本的 lme4 重现此图，您可以执行以下操作:

augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1))
library(lattice)
xyplot(fitted~resid,data=augData)

您应该考虑是否需要偏差残差(residuals() 的默认值)或 Pearson 残差(plot.merMod 的默认值)。