r - 如何合并 R 中嵌套文件夹中的 csv 文件

Question

我有一大堆 csv 文件，它们位于不同的文件夹中，并且位于我需要合并到一个文件中的文件夹中的文件夹中。如果它们都在一个目录中会很容易，但我不知道有一种简单的方法可以将它们全部拉出不同的文件夹。我可以将它们一一组合起来，但它们有很多。

例如:

+ working directory
|
+-- · data.csv
+-- · data2.csv
+-- + NewFolder
    |
    +-- · data3.csv
    +-- + NewFolder2
        |
        +-- · data4.csv

我想要一个包含所有数据 csv 文件的文件

Answer 1

您可以使用 dir()将 recursive 设置为 TRUE 以列出文件夹树中的所有文件，您可以使用 pattern 定义 regular expression过滤 .csv 文件。一个例子:

csv_files <- dir(pattern='.*[.]csv', recursive = T)

或者更好更简单(感谢 speendo 的评论):

csv_files <- dir(pattern='*.csv$', recursive = T)

解释。

• pattern='*.csv$:pattern参数必须是过滤文件名的正则表达式。此 RegEx 过滤掉以 .csv.

  结尾的文件名如果您想过滤以 data 开头的内容，您应该尝试这样的模式:pattern='^data.*.csv$'

• recursive=T:强制 dir() 递归遍历工作目录下的所有文件夹。

获得文件列表后，并假设所有文件都具有相同的结构(即所有文件都具有相同的列)，您可以使用 read.csv() 合并它们 和 rbind():

for(i in 1:length(csv_files)) {
  if(i == 1)
    df <- read.csv(csv_files[i])
  else
    df <- rdbind(df, read.csv(csv_files[i]))
}

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Ramnath 在他的评论中提出了一种合并 .csv 文件的更快方法(同样，假设所有文件都具有相同的结构):

library(dplyr)
df <- rbind_all(lapply(csv_files, read_csv))