r - 如何使用 ggplot 绘制 T-SNE 聚类

Question

这是使用 IRIS 数据的 t-SNE 代码:

library(Rtsne)
iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4])
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE


# Show the objects in the 2D tsne representation
plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)

这产生了这个情节:



我怎样才能使用 GGPLOT 来制作那个数字？

Answer 1

我认为最简单/最干净 ggplot方法是将您需要的所有信息存储在 data.frame 中然后绘制它。从上面粘贴的代码中，这应该有效:

library(ggplot2)
tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species)
ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col))

我的情节使用常规 plot功能是:

plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)