string - 如何用 R 中的字符串替换数据框中的值？

Question

简短版本:如何用另一个数据框中找到的字符串替换数据框中的值？

更长的版本:我是一名生物学家，研究多种蜜蜂。我有一个包含数千只蜜蜂的数据集。每行都有一个唯一的蜜蜂 ID # 以及有关该样本的所有相关信息(捕获数据、GPS 位置等)。每只蜜蜂的物种信息尚未输入，因为识别它们需要很长时间。当IDing时，我最终得到了数百只蜜蜂的盒子，它们都是同一物种。我将这些输入到一个单独的数据框中。我正在尝试编写代码，在识别蜜蜂时用物种信息(科、属、种、性别等)更新原始数据文件。目前，在原始数据文件中，物种信息为空，在 R 中被解释为 NA。我想让 R 找到所有唯一的蜜蜂 ID # 并填写物种信息，但我无法弄清楚如何将 NA 值替换为字符串(例如“Andrenidae”)

这是我正在尝试做的一个简单示例:

rawData<-data.frame(beeID=c(1:20),family=rep(NA,20))
speciesInfo<-data.frame(beeID=seq(1,20,3),family=rep("Andrenidae",7))

rawData[rawData$beeID == 4,"family"]  <- speciesInfo[speciesInfo$beeID == 4,"family"]

所以，我将按照我想要的方式替换内容，但是用数字而不是姓氏(字符串)。我最终想做的是编写一个小循环来添加所有物种信息，例如:

for (i in speciesInfo$beeID){
  rawData[rawData$beeID == i,"family"]  <- speciesInfo[speciesInfo$beeID == i,"family"]
}

预先感谢您的任何建议!

干杯，

扎克

编辑:

我刚刚注意到下面的前两种方法每次都会添加一个新列，如果我需要多次添加物种信息(我通常会这样做)，这会导致问题。例如:

rawData<-data.frame(beeID=c(1:20),family=rep(NA,20))
Andrenidae<-data.frame(beeID=seq(1,20,3),family=rep("Andrenidae",7))
Halictidae<-data.frame(beeID=seq(1,20,3)+1,family=rep("Halictidae",7))

# using join
library(plyr)
rawData <- join(rawData, Andrenidae, by = "beeID", type = "left")
rawData <- join(rawData, Halictidae, by = "beeID", type = "left")

# using merge
rawData <- merge(x=rawData,y=Andrenidae,by='beeID',all.x=T,all.y=F)
rawData <- merge(x=rawData,y=Halictidae,by='beeID',all.x=T,all.y=F)

有没有一种方法可以折叠列，以便我拥有一个统一的数据框？或者一种更新 rawData 而不是每次添加新列的方法？提前致谢!

Answer 1

这是一个我认为适合您的功能。这使用 match 来查找注释数据框中的值并建立索引，然后替换 rawData 中的值。

replaceID <- function(to,from,mergeBy,values){
  x <- match(from[,mergeBy],to[,mergeBy])
  to[,values][x] <- as.character(from[,values])
  return(to)
}
> rawData <- replaceID(rawData,Halictidae,"beeID","family")
> rawData
   beeID     family
1      1       <NA>
2      2 Halictidae
3      3       <NA>
4      4       <NA>
5      5 Halictidae
6      6       <NA>
7      7       <NA>
8      8 Halictidae
9      9       <NA>
10    10       <NA>
11    11 Halictidae
12    12       <NA>
13    13       <NA>
14    14 Halictidae
15    15       <NA>
16    16       <NA>
17    17 Halictidae
18    18       <NA>
19    19       <NA>
20    20 Halictidae