r - BLAS-LAPACK-ATLAS-R 安装是否具有多线程？

Question

我正在尝试在具有 8 核 AMD athlon FX-8320 的 OpenSuSE 12.2 服务器上设置 ATLAS、BLAS、LAPACK 和 R。我已经使用 cpufreq 和 James McDaniel 制作的来自 Paste.opensuse.org/92162247 的脚本 cfu 关闭了 CPU 频率缩放。

因此请按照此处的说明进行操作 http://math-atlas.sourceforge.net/atlas_install/node45.html我不需要安装 gcc (我还知道)我安装了 gcc (SUSE Linux) 4.7.1 20120723，g++ 和 gfortran 与 gcc 版本相同。

这些说明是对 ATLAS 进行虚假配置以确定要使用的编译器标志。 ATLAS 在指令中配置为“../configure -b 64 -D c -DPentiumCPS=2200 -Fa alg -fPIC”。我将其修改为我认为适用于我的设置' ../configure -b 64 -t 8 -Fa alg -fpic -A x86_64 -D c -DpentiumCPS=3500 -Si latune 1 --prefix=/usr/local/lib64 --with-netlib-lapack-tarfile=/opt/maths/lapack-3.4.2.tgz' 我收到这些错误。

OS configured as Linux (1)

Assembly configured as GAS_x8664 (2)

Vector ISA Extension configured as  AVXMAC (3,504)
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2
/bin/sh: line 1: 13849 Segmentation fault      ./xarchinfo_linux -a > config0.out
make[3]: *** [atlas_run] Error 139
make[2]: *** [IRunArchInfo_linux] Error 2

Architecture configured as  UNKNOWNx86 (35)
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2

Clock rate configured as 3500Mhz
Parallel make command configured as '$(MAKE) -j 8'
ERROR: enum fam=6, chip=8, mach=0
make[3]: *** [atlas_run] Error 44
make[2]: *** [IRunArchInfo_x86] Error 2
Cannot detect CPU throttling.

Atlas 制作了一个 Make.inc，如果我 fgrep F77 和 F77 标志，我会得到“gfortran-4.7”和“-O -mavx -fpic -m64”。也许 -mavx 标志可以处理 AVXMAC 错误？我需要-mavx吗？我将继续执行我的指示...

Answer 1

(不是真正的答案，但作为评论很难阅读):

关于 Dirk 建议使用 OpenBLAS 的更多注意事项。

我还使用 OpenBLAS(在 Ubuntu 和 CentOS 系统上)。

• 在 8 核和 12 核机器上，对我来说很重要的一个考虑因素是 OpenBLAS 允许动态设置要使用的线程数，这 ATLAS doesn't 。为了从 R 中动态设置线程数，我使用 Simon Fuller's OpenBLASThreads 。

• OpenBLAS 在这两个系统上构建都非常简单。

• 二进制 .deb 包可用，但上次我检查它们时，它们的最大可能线程数设置为 2。However, this is going to change 。到目前为止，我还在具有 > 2 个内核的 Ubuntu 机器上从源代码构建了该库。