r - 尝试使用 ggplot2 的 geom_smooth() 显示原始数据和拟合数据(nls + dnorm)

Question

我正在探索一些数据，所以我想做的第一件事就是尝试拟合正态(高斯)分布。这是我第一次在 R 中尝试这个，所以我一次一步地尝试。首先，我预先对数据进行了分类:

myhist = data.frame(size = 10:27, counts = c(1L, 3L, 5L, 6L, 9L, 14L, 13L, 23L, 31L, 40L, 42L, 22L, 14L, 7L, 4L, 2L, 2L, 1L) )

qplot(x=size, y=counts, data=myhist)

由于我想要计数，因此我需要添加归一化因子 (N) 来扩大密度:

fit = nls(counts ~ N * dnorm(size, m, s), data=myhist, start=c(m=20, s=5, N=sum(myhist$counts)) )   

然后我创建用于显示的拟合数据，一切正常:

x = seq(10,30,0.2)
fitted = data.frame(size = x, counts=predict(fit, data.frame(size=x)) )
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_line(data=fitted)

当我发现这个线程讨论使用 geom_smooth() 一步完成这一切时，我很兴奋，但我无法让它工作:

• http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg109882.html

这是我的尝试......以及我得到的结果:

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_smooth(method="nls", formula = counts ~ N * dnorm(size, m, s), se=F, start=list(m=20, s=5, N=300, size=10))

Error in method(formula, data = data, weights = weight, ...) : 
  parameters without starting value in 'data': counts

该错误似乎表明它正在尝试适应观察到的变量，计数，但这没有任何意义，并且如果我为也很重要:

fitting parameters ‘m’, ‘s’, ‘N’, ‘size’, ‘counts’ without any variables

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'counts' not found

知道我做错了什么吗？当然，这不是世界末日，但步骤越少越好，而且你们总是能为这些常见任务想出最优雅的解决方案。

提前致谢!

杰弗里

Answer 1

第一个错误表明ggplot2在数据中找不到公式中使用的变量“count”。

统计数据在映射后进行，即大小 -> x，计数 -> y。

以下是在 geom_smooth 中使用 nls 的示例:

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + 
  geom_smooth(method="nls", formula = y ~ N * dnorm(x, m, s), se=F, 
              start=list(m=20, s=5, N=300)) 

重点是在公式规范中使用 x 和 y，而不是大小和计数。