来自命令行的 R 脚本

Question

我想运行这个示例脚本:http://mazamascience.com/WorkingWithData/?p=912从 Windows 命令行。所以我打开命令行并输入 Rscript tryCatch.R 1 。但是，我不断收到错误消息 Error: R not found 。我确实将 PATH 环境变量设置为 C:\Programme\R\R-3.0.1\bin 。如果我只是输入 R.exe ，它确实开始 R ，但它找不到要在启动时加载的包(例如 package 'utils' in options<"defaultPackages"> was not found )。我想我必须在某个地方设置另一个通往库的路径，但我不知道在哪里执行此操作。

更新:明确输入 PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin 后(而不是仅仅将其添加到环境变量 PATH 的值中)似乎 R被发现。然而，出现了新的问题:In normalizePath<path.expand(path), winslash, mustWork>: path[2] = "C:/Programme/R/R-3.0.1/library": Access denied ，与 methods 相同图书馆。然后:Calls: .First ... library -> .getRequiredPackages2 -> library -> normalizePath Execution stopped 。我使用的是 Windows 7，并且拥有管理员权限。

Answer 1

Rscript 非常方便(R CMD BATCH 是旧方法)，特别是在 Windows 下，但通常在我创建一个批处理文件以避免所有路径的头痛。

例如说launcher.bat:

@echo off
C:
PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin;%path%
cd PATH_TO_YOUR_RSCRIPT
Rscript tryCatch.R 1
pause

然后打开一个控制台(使用cmd)，转到您存储launcher.bat的位置并启动它。或者使用 shell 从 R cosnole 中:

shell('path_to_launcher\launcher.bat')