RMarkdown 不会通过 sqlite 连接从 Rscript 渲染

Question

如果 Rmarkdown 文档中有 dplyr SQLite 调用，我将无法使用 Rscript 呈现 Rmarkdown 文档。以这个 MWE (test.Rmd) 为例，它调用 dplyr::lahman_sqlite() 表的本地副本中的表。

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title: "TestFile"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
library(dplyr)
lahman <- src_sqlite("lahman.sqlite")
```

```{r}
tbl(lahman, "Batting")
```

在实时 R 控制台 session 中，我可以调用 rmarkdown::render("test.Rmd")，并且此文档按预期构建。但是，如果我在命令行上调用 Rscript -e 'rmarkdown::render("test.Rmd")' ，则会收到以下错误:

Quitting from lines 12-13 (test.Rmd)
Error in UseMethod("db_query_fields") :
  no applicable method for 'db_query_fields' applied to an object of class "SQLiteConnection"
Calls: render ... make_tbl -> structure -> op_base_remote -> db_query_fields

我在下面附上了我的 sessionInfo，但我在 OS X 和 Ubuntu 上都重复了这个错误。

R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin15.5.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.6 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.5     digest_0.6.9    assertthat_0.1  R6_2.1.2        DBI_0.4-1       formatR_1.4     magrittr_1.5    evaluate_0.9   
 [9] RSQLite_1.0.0   stringi_1.1.1   rmarkdown_0.9.6 tools_3.3.1     stringr_1.0.0   Lahman_4.0-1    yaml_2.1.13     htmltools_0.3.5
[17] knitr_1.13      tibble_1.0  

Answer 1

问题来自于使用 Rscript 时 methods 包未加载的事实。因此，需要通过在设置 block 中添加 library(methods) 来显式加载它。