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image - R:哪个热图/图像可以获得没有任何树状图的行排序图?

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-02 05:53:48 25 4
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哪个包最适合仅按行排序的热图/图像,但不显示任何树状图或其他视觉困惑(只是两个轴上带有自动命名标签的二维彩色网格) 。除了基本的数字排序之外,我不需要花哨的聚类。数据是一个 39x10 的数字表,范围为 (0,0.21),我想将其可视化。

我搜索了 SO(参见 this )和 R 站点,并尝试了一些。查看 R Graphical Manual 以查看出色的可搜索屏幕截图和相应包的列表。

软件包的范围令人困惑 - 哪一个是首选热图(就像ggplot2适用于大多数其他绘图)?以下是我迄今为止发现的内容:

base::heatmap 很烦人,即使有参数heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) 它仍然在行上绘制不需要的树状图。

现在我将使用 pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) 并手动对我的表进行预排序,就像这个人:Order of rows in heatmap?

附录:显示每个单元格内的值,请参阅: display a matrix, including the values, as a heatmap 。我不需要这个,但有它很好。

最佳答案

通过 pheatmap,您可以使用选项 treeheight_rowtreeheight_col 并将它们设置为 0。

关于image - R:哪个热图/图像可以获得没有任何树状图的行排序图?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/10562078/

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