r - 将数据帧转换为矩阵，其中df的第1列作为矩阵的行名

Question

我有一个尺寸为3695 X 20的数据框。第一列包含字母数字标识符，其他19列均为数字。因此，rownames(df)提供的数字为1-3695，而colnames(df)提供的数字为列的名称。 df [，1]提供字母数字标识符。

我想将数据帧转换为矩阵，并使用现有数据帧的第1列作为新矩阵的行名，并保持数据帧的列名作为矩阵的列名。

我还想自动化此过程，以用于相似但不同尺寸的数据框。因此，如果要解决此问题需要知道行和/或列的数量，那么如何在无需查看监视器的情况下将这些信息放入代码中？

我看过data.matrix和reshape2，但似乎无法弄清楚该怎么做。

Answer 1

与您的样本数据

X<-structure(list(gene = c("AT1G01040", "AT1G01270", "AT1G01471", "AT1G01680"), log2.fold_change._Mer7_2.1_Mer7_2.2 = c(0, 0, 0, 0), log2.fold_change._Mer7_1.2_W29_S226A_1 = c(0, 0, -1.14, 0 ), log2.fold_change._Mer7_1.2_W29_1 = c(0, 0, 0, 0)), .Names = c("gene", "log2.fold_change._Mer7_2.1_Mer7_2.2", "log2.fold_change._Mer7_1.2_W29_S226A_1", "log2.fold_change._Mer7_1.2_W29_1"), row.names = c(NA, 4L), class = "data.frame")

您可以编写一个简单的辅助函数来创建矩阵并设置正确的名称

matrix.please<-function(x) {
    m<-as.matrix(x[,-1])
    rownames(m)<-x[,1]
    m
}

你会用它像

M <- matrix.please(X)
str(M)
#  num [1:4, 1:3] 0 0 0 0 0 0 -1.14 0 0 0 ...
#  - attr(*, "dimnames")=List of 2
#   ..$ : chr [1:4] "AT1G01040" "AT1G01270" "AT1G01471" "AT1G01680"
#   ..$ : chr [1:3] "log2.fold_change._Mer7_2.1_Mer7_2.2"  
# "log2.fold_change._Mer7_1.2_W29_S226A_1" "log2.fold_change._Mer7_1.2_W29_1"

因此，我们有一个4x3矩阵，具有正确的行名和列名。