Python将.dcm转换为.png，图像太亮

Question

我必须将一些默认为 .dcm 的文件转换为 .png，我在这里找到了一些代码示例来实现这一目标，但最终结果太亮了。请问有人可以看一下吗？

 def convert_to_png(file):
    ds = pydicom.dcmread(file)

    shape = ds.pixel_array.shape

    # Convert to float to avoid overflow or underflow losses.
    image_2d = ds.pixel_array.astype(float)

    # Rescaling grey scale between 0-255
    image_2d_scaled = (np.maximum(image_2d,0) / image_2d.max()) * 255.0

    # Convert to uint
    image_2d_scaled = np.uint8(image_2d_scaled)

    # Write the PNG file
    with open(f'{file.strip(".dcm")}.png', 'wb') as png_file:
        w = png.Writer(shape[1], shape[0], greyscale=True)
        w.write(png_file, image_2d_scaled)

我已经调整了代码，但似乎没有任何效果。

这就是 dicom 的实际情况，右侧是运行此代码的结果

Answer 1

某些 DICOM 数据集需要 window center/width rescaling原始像素强度(通过 VOI LUT Module 中的 (0028,1050) Window Center 和 (0028,1051) Window Width 元素)以重现方式他们被“查看”。

pydicom 有一个函数 apply_voi_lut()应用此窗口:

from pydicom import dcmread
from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut

ds = dcmread(file)
if 'WindowWidth' in ds:
    print('Dataset has windowing')

windowed = apply_voi_lut(ds.pixel_array, ds)

# Add code for rescaling to 8-bit...

根据数据集类型，您可能需要使用 apply_modality_lut()事先。