r - R中的性能:在矩阵中对行的元素进行排序的最快方法是什么？

Question

我有一个矩阵，其中有几百万行和大约40列。

我想对每一行中的元素进行排序，以使它们的值递减。因此，每一行具有最高值的元素应在第一列中。

为此，我可以使用apply函数。例如:

set.seed(1)
mm <- replicate(10, rnorm(20)) #random matrix with 20 rows and 10 columns
mm.sorted <- apply(mm,1,sort,decreasing=T)

但是，当我对非常大的矩阵执行此操作时，此方法将花费很长时间。

我想知道是否有其他方法可以加快行中元素的排序。

Answer 1

您可以使用包data.table:

set.seed(1)
mm <- matrix(rnorm(1000000*40,0,10),ncol=40) 
library(data.table)
system.time({
  d <- as.data.table(mm)
  d[, row := .I]
  d <- melt(d, id.vars = "row") #wide to long format
  setkey(d, row, value) #sort
  d[, variable := paste0("V", ncol(mm):1)] #decreasing order

  #back to wide format and coerce to matrix
  msorted <- as.matrix(dcast(d, row ~ variable)[, row := NULL]) 
})
#user  system elapsed 
#4.96    0.59    5.62 

如果您可以将其保存为长格式的data.table(即跳过最后一步)，则在我的计算机上大约需要2秒钟。

为了进行比较，在我的机器上@qjgods回答的时间:

#user  system elapsed 
#3.71    2.08    8.81

请注意，使用 apply(或其并行版本)会转置矩阵。