r - ggplot2:如何将点与 fiddle 图分组？

Question

我想绘制 fiddle 图，其中 x 轴是 exon 但我想对图进行分组。如果它只是 fiddle ，那么这是有效的，但是当我由于某种原因添加抖动时，它没有响应正确的 aes 并且正在自行绘制？这是一个可重现的代码，其中包含错误的屏幕截图。谢谢!

set.seed(1)
df <- data.frame(
  exons = c(rep("e1", 200), rep("e2", 200)),
  values = rnorm(400, 200, 40),
  group = c(
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50),
    rep("g1", 75), rep("g2", 75), rep("g3", 50)
  )
)

ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin() +
  geom_jitter(shape = 16, position = position_jitter(0.07))

因此，如果该图有效，则应该在每个外显子的每个组内绘制点，但这里显然不是。

Answer 1

您可能需要 position_dodge() 和 position_jitterdodge()

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_point(position = position_jitterdodge(seed = 1, dodge.width = 0.9))

另一个值得一提的选项是 ggbeeswarm 中的 geom_quasirandom() 函数。包

library(ggbeeswarm)
ggplot(df, aes(y = values, x = exons, fill = group)) +
  geom_violin(position = position_dodge(width = 0.9)) +
  geom_quasirandom(dodge.width = 0.9, varwidth = TRUE)

^{由reprex package于2019年8月10日创建(v0.3.0)}