r - 为什么从 rmarkdown 渲染 pdf 需要在渲染之间关闭 rstudio？

Question

背景

我正在尝试制作一个使用 render() 呈现的 rmarkdown 文档。 render 调用有两个参数化元素:

• 我希望用户能够指定 pdf 或 html。使用output_format()很简单。
• 我还想向文档传递一个参数，以指定表格(使用 kableExtra 包)是 Latex 还是 html。

这是名为 test.Rmd 的 rmarkdown 文件

---
title: "Title"
author: "Zzz Zzzzzz"
params:
  table_format:
    value
---

```{r setup}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(knitr)
library(kableExtra)

options(knitr.table.format = params$table_format) 
```

## Test table

```{r cars}
if (params$table_format == "latex"){
kable(iris[1:100,], booktabs = T) %>%
  kable_styling(latex_options = c("scale_down")) 
}

if (params$table_format == "html"){
kable(iris[1:100,]) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("striped", "hover"))  %>%
  scroll_box(width = "500px", height = "600px")
}


params$table_format
```

现在这是渲染文件的两个调用:

rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "pdf_document", params = list(
  table_format = "latex"
))


rmarkdown::render("test.Rmd", output_format = "html_document", params = list(
  table_format = "html"
))

问题

现在，如果我打开一个新的 rstudio session ，我可以毫无问题地运行两个 render 调用。创建 .pdf 或 .html 文件。但是，如果我尝试再次运行 .pdf 渲染，我会收到以下错误:

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.pdf --template "C:\Users\salbers\R\win-library\3.4\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex" --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable "geometry:margin=1in" ! Undefined control sequence. \begin {tabular}{rrrrl} \toprule Sepal.Length & Sepal.Width & Pet... l.267 \end{tabular}}

pandoc.exe: Error producing PDF Error: pandoc document conversion failed with error 43 In addition: Warning message: running command '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS test.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output test.pdf --template "C:\Users\salbers\R\win-library\3.4\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex" --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --variable graphics=yes --variable "geometry:margin=1in"' had status 43

html 渲染一次又一次地工作得很好。如果我关闭 rstudio，然后拉起项目，pdf 的渲染也可以正常工作。

问题

• 谁能告诉我为什么我的 pdf 渲染 rmarkdown 文档无法在 rstudio 的单个 session 中渲染两次？
• 同样，为什么 rstudio 必须在渲染之间关闭？

Answer 1

2019-01-21更新:

针织纽扣和 render 之间的一大区别功能是，针织按钮总是从“新环境”开始(我们都能感觉到)，而render函数默认从 parent.env() 开始。

render(input, ..., envir = parent.frame(), ...)

在函数文档中，我们看到

envir   
The environment in which the code chunks are to be evaluated 
during knitting (can use new.env() to guarantee an empty new 
environment).

因此，我们可以模拟点击knit的行为按钮，输入 envir = new.nev()在渲染调用中。

<小时/>

原答案:

嗯，我先把解决方案贴出来。要解决此问题，您需要将以下内容放入 yaml 部分。我还添加了一个功能kableExtra_latex_packages()在本周早些时候的开发版本中显示以下文本。

header-includes:
  - \usepackage{booktabs}
  - \usepackage{longtable}
  - \usepackage{array}
  - \usepackage{multirow}
  - \usepackage[table]{xcolor}
  - \usepackage{wrapfig}
  - \usepackage{float}
  - \usepackage{colortbl}
  - \usepackage{pdflscape}
  - \usepackage{tabu}
  - \usepackage{threeparttable}
  - \usepackage[normalem]{ulem}

如果您好奇为什么会出现这种奇怪的行为，这里有一个简短的解释。当您第一次加载kableExtra时在 rmarkdown 环境中，它将 try to put the LaTeX package information above into the rmarkdown metadata使用usepackage_latex() function这个包附带的。如果您只需点击编织按钮，效果就很好，因为每个“编织+渲染”过程都应该是隔离的。然而，令人惊讶的是(顺便说一句，感谢您提出它)，正如我们在这里看到的，如果您尝试从控制台渲染，因为(我的假设)knitr 或 rmarkdown 正在尝试重用一些缓存的结果，该过程无法复制。事实证明，这些 LaTeX 包依赖项并未放入正在生成的 tex 文件中，并最终出现错误。当然，如果您关闭 RStudio 并重新启动它，它的临时内存将会消失，您应该能够再次加载这些包。我觉得这可能是 rmarkdown 中与全局变量相关的错误。我想我们可以通过在render末尾添加“忘记元数据”部分来修复它。功能，但我需要看看它。

部分原因是我没有提供足够的有关过去版本中使用的 LaTeX 包的文档。现在，我在 package vignette 的开头添加了关于此问题的新部分。本周早些时候发布的 kableExtra 0.5.0。请随意检查一下。另外，正如我之前所说，在当前的开发版本中，您可以使用函数 kableExtra_latex_packages() 调出列表。 。