r - 绘制 PCA : way to label data points

Question

我可以使用 Plot 函数。可以使用 plot 来获得 pca 结果。但不确定如何根据我的数据点标记这些点，这些数据点是 rownames(Sample) numbered 1 to 90

Sample<-read.table(file.choose(),header=F,sep="\t")
Sample.scaled<-data.frame(apply(Sample_2XY,2,scale))
Sample_scaled.2<-data.frame(t(na.omit(t(Sample_2XY.scaled))))

pca.Sample<-prcomp(Sample_2XY.scaled.2,retx=TRUE)

pdf("Sample_plot.pdf")
plot(pca.Sample$x)
dev.off()

Answer 1

这是一个简单的方法，绘制了前两个组件:

plot( pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2] )
text( pca.Sample$x[,1], pca.Sample$x[,2], rownames( Sample ), pos= 3 )

顺便说一句，您可以使用您的常规设备随时随地查看绘图，然后将该设备的内容复制为 PDF:

dev.copy2pdf( file= "something.pdf" )