r - 使用 for 循环和 rbind 遍历多个文件

Question

我有一个包含 14 个函数的小型 R 脚本，想为 81 个文件运行它。虽然我已经阅读了关于解决类似问题的 Stack Overflow 上的几篇文章，但我仍然无法正常工作。我正在使用 for 循环和 rbind。

循环工作的 { } 中的所有函数。我在没有 for 循环的情况下对它们进行了测试，我得到了我需要的数据向量。但是当我运行 for 循环时，我只得到文件夹中最后一个文件的输出。我不确定发生了什么。

for 循环是否正常工作(是否遍历文件)并且只是覆盖了之前的运行？如果 for 循环正常工作，那么我假设我的 rbind 有问题。或者，for 循环是否只运行 list.files() 中的最后一个文件？

最后，我想要一个矩阵(或表格)，其中包含 81 个文件中每个文件的 14 个函数的结果。

代码如下:

res=(1:14)
for(i in list.files())
{ 
  nd = read.csv(i, header= TRUE, row.names =1, check.names = FALSE)
  mx = as.matrix(nd)

  res[1]=basename(i) 
  res[2]=-99  #this is just a place holder
  res[3]=gden(mx) 
  res[4]=centralization(mx,degree)

  deg = degree(mx, gmode="graph", diag=FALSE, rescale=FALSE)
  res[5]=mean(deg)
  res[6]=sd(deg)
  res[7]=max(deg)
  res[8]=min(deg)

  Ndeg = degree(mx, gmode="graph", diag=FALSE, rescale=TRUE)*1000
  res[9]=mean(Ndeg)
  res[10]=sd(Ndeg)
  res[11]=max(Ndeg)
  res[12]=min(Ndeg)

  iso = isolates(mx, diag=FALSE)
  res[13]=length(iso)

  res[14]=nrow(mx)
}
results=rbind(res)
results  

Answer 1

将您的函数集组合成一个新函数并将其应用到list.files()的每个元素:

out <- sapply(list.files(), function(i){ 
  nd = read.csv(i, header= TRUE, row.names =1, check.names = FALSE)
  mx = as.matrix(nd)

  res = numeric(14)
  res[1]=basename(i) 
  res[2]=-99  #this is just a place holder
  res[3]=gden(mx) 
  res[4]=centralization(mx,degree)

  deg = degree(mx, gmode="graph", diag=FALSE, rescale=FALSE)
  res[5]=mean(deg)
  res[6]=sd(deg)
  res[7]=max(deg)
  res[8]=min(deg)

  Ndeg = degree(mx, gmode="graph", diag=FALSE, rescale=TRUE)*1000
  res[9]=mean(Ndeg)
  res[10]=sd(Ndeg)
  res[11]=max(Ndeg)
  res[12]=min(Ndeg)

  iso = isolates(mx, diag=FALSE)
  res[13]=length(iso)

  res[14]=nrow(mx)
  return(res)
}
out