r - 将所有函数保存在文本文件中

Question

我通常在 R 中运行大量模拟。在模拟之间，R 的某些部分代码会改变。通常，我会站在旁边 模拟结果包含一个 .txt 文件其中使用的每个函数的定义模拟。要制作那个 .txt 文件，我只是运行这一行:

for(j in 1:length(ls()))    print(c(ls()[j],eval(as.symbol(ls()[j]))))
out<-capture.output(for(j in 1:length(ls()))    print(c(ls()[j],eval(as.symbol(ls()[j])))))
cat(out,file=paste("essay_4_code.txt",sep=""),sep="\n",append=FALSE)

在我的环境中加载所有功能之后。然而，在生成的文本文件中，R 函数不是 R 可以解释为函数的格式。要理解原因，这里有一个简单的例子:

rm(list=ls())
foo1<-function(x){
  sin(x)+3
}
foo2<-function(x){
  cos(x)+1
}
foo3<-function(x){
  cos(x)+sin(x)
}

会产生:

[[1]]
[1] "foo1"

[[2]]
function (x) 
{
    sin(x) + 3
}

[[1]]
[1] "foo2"

[[2]]
function (x) 
{
    cos(x) + 1
}

[[1]]
[1] "foo3"

[[2]]
function (x) 
{
    cos(x) + sin(x)
}

所以，简而言之，我想让 essay_4_code.txt R 可读

Answer 1

你可以使用

dump(lsf.str(), file="essay_4_code.R")

这将创建一个 .R 文件，其中包含当前搜索空间中的所有函数定义。

编辑:

来自@JoshuaUlrich 在评论中发布的相关问题:

...dump("f") will only save the function definition of f, and not its environment. 
If you then source the resulting file, f will no longer work correctly [if it 
depends on variables in the environment in was previously bound to].

或者，您可以使用save 函数以load 函数可读的二进制格式保存函数。这保留了您的函数的环境绑定(bind)，但您失去了自己读取结果文件的能力。

 do.call(save, c(as.list(lsf.str()), file='essay_4_code.Rd'))

在新 session 中加载时，先前绑定(bind)到全局环境的函数将绑定(bind)到当前全局环境，而绑定(bind)到不同环境的函数将携带该环境。

rm(list=ls())
# function bound to non-global environment
e <- new.env()
e$x <- 10
f <- function() x + 1
environment(f) <- e
# function bound to global environment
y <- 20
g <- function() y + 1
# save functions
do.call(save, c(as.list(lsf.str()), file='essay_4_code.Rd'))

# fresh session
rm(list=ls())

load('essay_4_code.Rd')
f()
# [1] 11
g()
# Error in g() : object 'y' not found
y <- 30
g()
# [1] 31
ls()
# [1] "f" "g" "y"

如果您只是想检查“eassay_4_code.Rd”中的函数体:

e<-new.env()
load('essay_4_code.Rd', e)
as.list(e)
# $f
# function () 
# x + 1
# <environment: 0x000000000a7b2148>
# 
# $g
# function () 
# y + 1