R2WinBUGS - 如何再次将 WinBUGS 计算结果重新加载到 bug 对象

Question

我使用 R 中的 R2WinBUGS 包在 WinBUGS 中运行了一次漫长的计算(百万次迭代):

bugs.object <- bugs(...)

但是 R 崩溃了。 如何在不再次运行 winbugs 的情况下再次将 bugs.object 重新加载到 R 中？我尝试了这个(我有 3 个链):

out <- read.bugs(paste("coda", 1:3, ".txt", sep = ""))

但是out数据结构与bugs对象完全不同(事实上，它是不可用的)。我尝试使用 as.bugs.array 转换它:

bugs.object <- as.bugs.array(out, model.file = "ttest.txt", n.iter = 1000000, n.burnin = 300000, n.thin = 2, program = "WinBUGS")

但它不起作用。请帮忙。谢谢。

Answer 1

您可能正在阅读一条错误消息，其中 R 内存不足，无法创建 bugs.array 对象。

您可以通过在 bugs 函数中设置 codaPkg=T 语句来解决此问题。这会将 CODA 文件保存在指定的工作目录中，而不是创建 R2WinBUGS 对象(在 R 崩溃之前)。然后，您可以使用 coda 包中的 read.mcmc 读回 coda 文件，如果您确实需要，请将 mcmc 对象转换为 bugs.array .

如果您的 MCMC 太大或者您没有足够的内存用于 R，这可能不起作用。