r - parLapply 多个参数 R

Question

我正在尝试通过 hargreaves 计算蒸发量package SPEI 中的方法.这涉及使用最低温度( TMIN )和最高温度 ( TMAX )。鉴于Tmin，并行计算是我最好的选择和Tmax rasterstacks有500,000 cells and 100 layers each 。 Hargreaves function需要Tmin , Tmax和latitude在each grid作为输入。以下是我的第一个猜测:

library(SPEI)
# go parallel 
library(parallel)
clust <- makeCluster(detectCores())

#har <- hargreaves(TMIN,TMAX,lat=37.6475) # get evaporation for a station. 

但是，我的数据是网格化的。

Tmin和Tmax是列表，Tmin 中的每个数据帧和Tmax有一个$latitude附于其上。在 pet , k$d是 Tmin，k$d是 Tmax (也许我应该在 pet 中提供两个参数，例如 function(k,y) 而不仅仅是 k ？)

pet <- function(k) {
  hargreaves(k$d,k$d, k$latitude, na.rm=TRUE)}

# Make library and function available to clust
clusterEvalQ(clust, library(SPEI))
clusterExport(clust, pet)

pet_list <- parLapply(clust, TMIN,TMAX, pet)

parLapply仅接受一个参数。怎么才能通过Tmin和Tmax至parLapply ？难道是我的宠物功能不正确？

谢谢。

Answer 1

索引可用于引用全局定义的data.frame中的行。我在下面举一个例子。

library(SPEI)
library(parallel)

定义测试列表。

Tmin <- list(aa = data.frame(a=1:30, b1=runif(30), b2=runif(30), latitude=runif(30)),
  bb = data.frame(a=1:30, b1=runif(30), b2=runif(30), latitude=runif(30)))

Tmax <- list(aa = data.frame(a=1:30, b1=runif(30), b2=runif(30), latitude=runif(30)),
  bb = data.frame(a=1:30, b1=runif(30), b2=runif(30), latitude=runif(30)))

创建集群

clust <- makeCluster(2)

这是重写的函数，但我们将在更简单的函数上测试它。

pet1 <- function(ind){
  Tmin[[ind]]$a + Tmax[[ind]]$a
}

调用SPEI库并将工作区中的所有内容发送到每个CPU。这通常不是很好的形式，所以请原谅我。

clusterEvalQ(clust, library(SPEI))
clusterExport(clust, ls())

运行parLapply函数

pet_test <- parLapply(clust, 1:length(Tmin), pet1)

编辑:编辑以说明列表中的 Tmin 和 Tmax。核心思想是相同的，即使用索引作为 pet 函数的一个参数，并从 pet 内部引用全局变量。