r - 带误差线的散点图

Question

如何在 R 中生成以下绘图？图中显示的点是平均值，它们的范围对应于最小值和最大值。我有两个文件中的数据(下面是一个示例)。

x   y
1   0.8773
1   0.8722
1   0.8816
1   0.8834
1   0.8759
1   0.8890
1   0.8727
2   0.9047
2   0.9062
2   0.8998
2   0.9044
2   0.8960
..  ...

Answer 1

首先:非常不幸和令人惊讶的是，R 无法“开箱即用”绘制误差线。

这是我最喜欢的解决方法，优点是您不需要任何额外的包。诀窍是绘制箭头(!)，但用小水平条代替箭头(!!!)。这个不太直接的想法来自R Wiki Tips并在此处作为一个已解决的示例进行复制。

假设您有一个“平均值”向量 avg和另一个“标准差”向量sdev ，它们的长度相同n 。让我们将横坐标设为这些“测量”的数量，因此 x <- 1:n 。使用这些，绘制命令如下:

plot(x, avg,
    ylim=range(c(avg-sdev, avg+sdev)),
    pch=19, xlab="Measurements", ylab="Mean +/- SD",
    main="Scatter plot with std.dev error bars"
)
# hack: we draw arrows but with very special "arrowheads"
arrows(x, avg-sdev, x, avg+sdev, length=0.05, angle=90, code=3)

结果如下所示:

在 arrows(...)功能length=0.05是“箭头”的大小(以英寸为单位)，angle=90指定“箭头”垂直于箭头的轴，特别直观code=3参数指定我们要在箭头的两端绘制箭头。

对于水平误差线，需要进行以下更改，假设 sdev矢量现在包含 x 中的错误值和 y值是纵坐标:

plot(x, y,
    xlim=range(c(x-sdev, x+sdev)),
    pch=19,...)
# horizontal error bars
arrows(x-sdev, y, x+sdev, y, length=0.05, angle=90, code=3)