r - 迁移 R 库

Question

我想在 Linux 上将多个 R 库 (*) 从一个驱动器移动到另一个驱动器，并且想知道简单的移动是否可行且安全，或者我是否应该卸载并重新安装这些软件包。我意识到库的位置是通过 .libPaths() 标识的，并浏览了“R 安装和管理”手册以查找有关迁移库的信息，但没有看到推荐的过程。

我认为三种选择:

1. 对所有非基础软件包运行remove.packages()，并通过install.packages(lib = "/path/to/new/location")重新安装。
2. 使用 mv 移动库(目录)并使用符号链接(symbolic link)指向新位置(并最终删除符号链接(symbolic link))
3. 在Linux中使用mv命令批量移动目录并更新R_HOME/etc/Rprofile.site中的.Library.site，正如 R Installation and Administration manual 中所建议的

选项#1 很直率。选项 #2 应该可以工作，但似乎有点不合理。

#3 安全吗还是存在严重问题？我发现的问题是:目录权限以及任何包的设置存储绝对路径而不是相对路径的可能性(这似乎不合理且不必要)。

关于绝对路径的存储，我发现rJava将R_HOME的位置存储在一个名为run的文件中。这本身并不是一个库问题，但它表明一个包(而且是一个好的包)保留了绝对路径的私有(private)副本。

(*) 有几个库和许多软件包。当然，只是移动了库(目录)，但包可能会受到影响。

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更新 1/澄清:只是澄清一下:我仅迁移库，而不更改 R 版本或软件包版本。更新 R 或软件包可以单独完成，但问题只是移动库是否可行。看来，如果有必要更新或重新安装所有软件包以确保正确安装，那么该路径更类似于选项#1，而不是选项#3。

更新 2:对 another SO post 的答复关于如何在升级时避免此问题有一些好主意。我不会升级 R，但 Dirk Eddelbuettel 提出的不在 R 文件树中安装软件包的建议是明智的。

Answer 1

选项#3(将旧库复制到新库)应该可以工作......但当且仅当您运行:

update.packages(checkBuilt=TRUE)

通过这种方式，需要为新版本重建的软件包将得到更新。通常情况下，新版本会添加要求(例如 2.14.x 中即将出现的 NAMESPACE 要求)。

编辑:看到这只是在躺椅上移动......如果您要移动任何基础 R 安装，我将不再支持 #3。它在 Mac 上对我有用，但我没有在 R 安装和管理指南或 R 常见问题解答中看到它应该工作的 promise 。您可以通过以下顺序完成#1(这在各种条件下可能是最安全的):

# In original installation, get the non-default package list:
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine. 
# Or just delete their directories.

使用新安装的 R 版本并将 .Libpaths 设置为您的首选项(甚至相同的旧安装):

load("pkglist.Rdata")
install.packages(save.pkg.list)

如果 R 可执行文件未更改，只需将包移动到新库可能会成功(假设您还更改了 .Libpaths)，但我没有 Linux 安装来测试它或知道配置操作设置的任何指针将如何受到影响。