r - 为什么 knitr 不尊重 RStudio 项目细节？

Question

在所有其他情况下，当我在 RStudio 项目中工作时，我可以在脚本中进行相对于项目根目录的引用。所以我可以，例如，dfX = read.csv("Data/somefile.csv")，其中文件夹 Data 是相对于我的项目根目录的。

knitr block 中的相同代码找不到该文件。我猜这是因为 knitr 创建了一堆临时目录，它需要相对于文件位置进行引用。有没有一种简单的方法可以改变这种行为？显然，我不想将整个路径添加到项目文件夹——我知道我可以使用 knitr::opts_knit$set(root.dir = rootPath) 轻松完成此操作。这完全破坏了跨机器和操作系统的可维护性。

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编辑: 这似乎与 this question 密切相关.

Answer 1

大概你知道调用'knit'时包目录的路径，那么怎么样:

ENV <- new.env()
assign("workingDirectory", getcwd(), envir = ENV)
knitr::knit(...,
            # THE ENVIRONMENT IN WHICH THE CODE CHUNKS ARE TO BE EVALUATED
            envir=ENV)

然后在你的 rmd 文件中你可以做:

```{r]  print(workingDirectory)```

如果您正在搜索当前安装的位置，您可以使用:

PATH = NULL
for(libPath in .libPaths())
    if('myPackage' %in% list.dirs(libPath,FALSE,FALSE)){
        PATH = file.path(libPath,'myPackage')
    }

if(is.null(PATH))
    stop('could not find package directory') 

ENV <- new.env()
assign("workingDirectory", PATH, envir = ENV)
knitr::knit(...,
            # THE ENVIRONMENT IN WHICH THE CODE CHUNKS ARE TO BE EVALUATED
            envir=ENV)