pandas - HDFStore Term 内存检查列表成员资格的有效方法

Question

我有一个 pandas HDFStore，我试图从中进行选择。我想在一个大的 np.array 中选择两个带有 id 的时间戳之间的数据。以下代码有效，但仅在查询列表中的成员资格时占用过多内存。如果我使用日期时间索引和范围，内存占用量会减少 95%。

#start_ts, end_ts are timestamps
#instruments is an array of python objects

not_memory_efficient = adj_data.select("US", [Term("date",">=", start_ts),
                              Term("date", "<=", end_ts),
                              Term("id", "=", instruments)])
memory_efficient = adj_data.select("US", [Term("date",">=", start_ts),
                              Term("date", "<=", end_ts),)

在 HDFStore 中是否有更节省内存的方法来执行此操作？我应该将索引设置为“sec_id”吗？ (我也可以使用 chunksize 选项并自己连接，但这似乎有点 hack。)

编辑:

hdfstore 是由 pd.HDFStore 创建的，它创建一个数据帧并像这样存储。我之前犯了一个错误

def write_data(country_data, store_file):
    for country in country_data:
        if len(country_data[country]) == 0:
            continue
        df = pd.concat(country_data[country], ignore_index=True)
        country_data[country] = []
        store_file.append(country, df, format="t")

根据要求，这是该表的 ptdump:https://gist.github.com/MichaelWS/7980846另外，这是 df:https://gist.github.com/MichaelWS/7981451

Answer 1

为其他用户纪念。

在HDFStore中，如果某些列不是索引，则需要将它们指定为data_columns，以便稍后查询。

文档是 here

创建框架

In [23]: df = DataFrame(dict(date = pd.date_range('20130101',periods=10), id = list('abcabcabcd'), C = np.random.randn(10)))


In [28]: df
Out[28]: 
          C                date id
0  0.605701 2013-01-01 00:00:00  a
1  0.451346 2013-01-02 00:00:00  b
2  0.479483 2013-01-03 00:00:00  c
3 -0.012589 2013-01-04 00:00:00  a
4 -0.028552 2013-01-05 00:00:00  b
5  0.737100 2013-01-06 00:00:00  c
6 -1.050292 2013-01-07 00:00:00  a
7  0.137444 2013-01-08 00:00:00  b
8 -0.327491 2013-01-09 00:00:00  c
9 -0.660220 2013-01-10 00:00:00  d

[10 rows x 3 columns]

保存到没有 data_columns 的 hdf

In [24]: df.to_hdf('test.h5','df',mode='w',format='table')

0.13 会报告这个错误(0.12 会默默忽略)

In [25]: pd.read_hdf('test.h5','df',where='date>20130101 & date<20130105 & id=["b","c"]')
 ValueError: The passed where expression: date>20130101 & date<20130105 & id=["b","c"]
            contains an invalid variable reference
            all of the variable refrences must be a reference to
            an axis (e.g. 'index' or 'columns'), or a data_column
            The currently defined references are: index,columns

将所有列设置为数据列(也可以是具体的列列表)

In [26]: df.to_hdf('test.h5','df',mode='w',format='table',data_columns=True)

In [27]: pd.read_hdf('test.h5','df',where='date>20130101 & date<20130105 & id=["b","c"]')
Out[27]: 
          C                date id
1  0.451346 2013-01-02 00:00:00  b
2  0.479483 2013-01-03 00:00:00  c

[2 rows x 3 columns]

这是文件的 ptdump -av 的表节点:

/df/table (Table(10,)) ''
  description := {
  "index": Int64Col(shape=(), dflt=0, pos=0),
  "C": Float64Col(shape=(), dflt=0.0, pos=1),
  "date": Int64Col(shape=(), dflt=0, pos=2),
  "id": StringCol(itemsize=1, shape=(), dflt='', pos=3)}
  byteorder := 'little'
  chunkshape := (2621,)
  autoindex := True
  colindexes := {
    "date": Index(6, medium, shuffle, zlib(1)).is_csi=False,
    "index": Index(6, medium, shuffle, zlib(1)).is_csi=False,
    "C": Index(6, medium, shuffle, zlib(1)).is_csi=False,
    "id": Index(6, medium, shuffle, zlib(1)).is_csi=False}
  /df/table._v_attrs (AttributeSet), 19 attributes:
   [CLASS := 'TABLE',
    C_dtype := 'float64',
    C_kind := ['C'],
    FIELD_0_FILL := 0,
    FIELD_0_NAME := 'index',
    FIELD_1_FILL := 0.0,
    FIELD_1_NAME := 'C',
    FIELD_2_FILL := 0,
    FIELD_2_NAME := 'date',
    FIELD_3_FILL := '',
    FIELD_3_NAME := 'id',
    NROWS := 10,
    TITLE := '',
    VERSION := '2.7',
    date_dtype := 'datetime64',
    date_kind := ['date'],
    id_dtype := 'string8',
    id_kind := ['id'],
    index_kind := 'integer']

要注意的关键是 data_columns 在“描述”中是分开的，并且它们被设置为索引。