r - 构建圆形系统发育树

Question

我有一张基因和疾病相关的表。我想构建一个系统发育树并将基因分组到他们的疾病中。下面是一个示例数据集，其中 gene1 列属于 disease1，gene2 属于 disease2。主要是gene1和gene2相互关联，并映射到它们所属的疾病。

gene1   gene2   disease1           disease2
AGTR1   ACHE    cancer              tumor
AGTR1   ACHE    parkinson's         asthma
ALOX5   ADRB1   myocardial infarct  heart failure
AR      ADORA1  breast cancer       anxiety disorder

为了我的目的，我想要一个圆形的系统发育树，在下面的链接中给出: http://itol.embl.de/itol.cgi

在 R 或任何软件中执行此操作有什么建议吗？

谢谢

我现在正在运行的代码:

d=read.csv("genes_disease.txt",sep="\t",header=TRUE)
phyl_gad <-as.phylo(hclust(dist(d)))
 plot(phyl_gad,type="fan",edge.col=c("red","green","blue","orange","yellow","pink","magenta","white"),show.tip.label=FALSE)

如果我这样做 show.tip.label=TRUE，则会绘制太多标签，使提示变得杂乱无章。

我修改后的数据集现在只有两列，一列是基因，一列是疾病。

Answer 1

啊，我以前做过这个。正如布莱恩所说，您想使用 ape包裹。假设您有一个 hclust目的。例如，

library(ape)
fit<-hclust(d,method='ward')
plot(as.phylo(fit),type='fan',label.offset=0.1,no.margin=TRUE)

如果你想修改树末端的颜色，你可以使用cutree和 tip.color范围。这将为不同的集群创建一组重复的颜色(例如，color=c('red','blue') 将在分支的末尾交替显示蓝色和红色文本。

nclus=...#insert number of clusters you want to cut to
color=...#insert a vector of colors here
fit<-hclust(d,method='ward')
color_list=rep(color,nclus/length(color))
clus=cutree(fit,nclus)
plot(as.phylo(fit),type='fan',tip.color=color_list[clus],label.offset=0.1,no.margin=TRUE) 

我不确定您要使用哪种类型的聚类方法(我使用的是 Ward 的方法)，但您就是这样做的。