pymol - Gromacs : . 无法识别 ene 扩展

Question

我是 Gromacs 的新手(通常是蛋白质分析编码方面的新手，但对基于 Python 的代码有一些经验)。我正在尝试将从 pyDock 接收的 .ene 文件转换为更具可读性的格式(它当前打开

例如，当我尝试使用 gromacs 指南所说的接受 .ene 文件(gmx eneconv 和 gmx dump)的不同命令时

gmx eneconv -f project.ene -o converted.edr

和

gmx dump -e project.ene -om read.mdp

我得到了错误

File 'project.ene' cannot be used by GROMACS because it does not have a recognizable extension.
The following extensions are possible for this option:
  .edr

我已经更新了我的操作系统并重新安装了 gromacs。我的安装按照“入门”页面进行。

我也乐于接受有关其他程序打开和读取 .ene 文件类型的建议。

谢谢!

Answer 1

“ene”是“energy”的缩写，包含能量、温度、体积等二进制数据，仅在旧版本的 Gromacs 中使用。在新版本的 Gromacs 中，这被包含可移植二进制数据的“edr”文件所取代。查看“gmx dump -h”，你会发现如下几行:

Options to specify output files:

 -o      [<.edr>]           (fixed.edr)
           Energy file

如果你坚持使用 ene 文件，你应该安装旧版本的 Gromacs。