r - 如何从边列表创建加权邻接列表/矩阵？

Question

我的问题非常简单:我需要从边列表创建邻接列表/矩阵。

我有一个存储在 csv 文档中的边列表，其中列 1 = 节点 1 且列 2 = 节点 2，我想将其转换为加权邻接列表或加权邻接矩阵。

更准确地说，数据如下所示 - 其中数字只是节点 ID:

node1,node2
551,548
510,512
548,553
505,504
510,512
552,543
512,510
512,510
551,548
548,543
543,547
543,548
548,543
548,542

关于如何实现从这个到加权邻接列表/矩阵的转换有什么技巧吗？这就是我之前决定这样做的方法，但没有成功(由 Dai Shizuka 提供):

dat=read.csv(file.choose(),header=TRUE) # choose an edgelist in .csv file format
el=as.matrix(dat) # coerces the data into a two-column matrix format that igraph likes
el[,1]=as.character(el[,1])
el[,2]=as.character(el[,2])
g=graph.edgelist(el,directed=FALSE) # turns the edgelist into a 'graph object'

谢谢!

Answer 1

此响应仅使用基本 R。结果是用于表示邻接矩阵的标准矩阵。

 el  <- cbind(a=1:5, b=5:1) #edgelist (a=origin, b=destination)
 mat <- matrix(0, 5, 5)
 mat[el] <- 1
 mat
 #    [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
 #[1,]    0    0    0    0    1
 #[2,]    0    0    0    1    0
 #[3,]    0    0    1    0    0
 #[4,]    0    1    0    0    0
 #[5,]    1    0    0    0    0

这里mat你的邻接矩阵是从edgelist el定义的，这是一个简单的cbind向量 1:5和5:1 .

如果您的边缘列表包含权重，那么您需要稍微不同的解决方案。

el <- cbind(a=1:5, b=5:1, c=c(3,1,2,1,1)) # edgelist (a=origin, b=destination, c=weight)
mat<-matrix(0, 5, 5)
for(i in 1:NROW(el)) mat[ el[i,1], el[i,2] ] <- el[i,3]  # SEE UPDATE
mat
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
#[1,]    0    0    0    0    3
#[2,]    0    0    0    1    0
#[3,]    0    0    2    0    0
#[4,]    0    1    0    0    0
#[5,]    1    0    0    0    0

更新

一段时间后，我意识到前面的加权边缘列表示例中的 for 循环(第 3 行)是不必要的。您可以将其替换为以下矢量化操作:

mat[el[,1:2]] <- el[,3]