customization - 自定义 BLAST 的输出？

Question

我知道这是一个与 BLAST 和生物信息学相关的非常具体的问题，但这里是:

我正在尝试使用独立的 BLAST(我已经下载了它并测试了它在命令行上运行)来执行 DNA 序列比对 (blastn)。我需要能够提供我自己的查询文件(fasta 格式)和我自己的数据库文件(也是 fasta 格式)。

关键是我想让程序只输出2个字段，而不是通常输出的详细报告。我只想要输出对齐的最高分数和e值。我的想法是，一旦我完成了这项工作，我就可以将其包装在我自己的控制程序中，并使用不同的查询序列自动运行它多次，并记录分数和 e 值。

我知道这是一个不太可能的事情，但是有人知道我该如何做到这一点吗？对我来说，两个障碍是使用我自己的数据库文件和自定义输出。

Answer 1

事实上很简单:blastall 有几个命令行选项可以帮助您:

• 仅输出每个查询的单个最强命中:-v 1 -b 1
• 以表格格式输出:-m 8

所以你将运行这样的东西:

blastall -p blastn -i queries.fasta -d database -v1 -b1 -m8 > resultTable.txt

但是表输出有几列。我不记得列的顺序，但您可以使用剪切工具仅选择您感兴趣的列。例如，以下命令将从blastoutput中仅选择第1、7和8列

cut -d '\t' -f 1,7,8 < resultTable.txt

亚尼克