r - knitr 和绘制神经网络

Question

我正在尝试绘制一些神经网络输出，但没有得到任何结果。绘制诸如 plot(iris) 这样的普通内容可以正常工作，但是 neuralnetwork() 对象的某些内容似乎无法以相同的方式绘制。

我的文件如下所示:

---
title: "stack"
author: "stack"
date: "today"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
---


```{r}
library(neuralnet)
AND <- c(rep(0,3),1)
binary.data <- data.frame(expand.grid(c(0,1), c(0,1)), AND)
net <- neuralnet(AND~Var1+Var2,  binary.data, hidden=0,err.fct="ce", linear.output=FALSE)
plot(net)
```

我没有得到任何输出。同一文件可以很好地绘制其他内容。

Answer 1

本期has been reported并之前在 rmarkdown 存储库中回答过。这里我只是想解释一下它不起作用的技术原因。

来自帮助页面?neuralnet::plot.nn:

Usage

    ## S3 method for class 'nn'
    plot(x, rep = NULL, x.entry = NULL, x.out = NULL,
        ....


Arguments

  ...

  rep   repetition of the neural network. If rep="best", the repetition
        with the smallest error will be plotted. If not stated all repetitions
        will be plotted, each in a separate window.

来自源代码(v1.33):

> neuralnet:::plot.nn
function (x, rep = NULL, x.entry = NULL, x.out = NULL, radius = 0.15, 
    .... 
{
    ....
    if (is.null(rep)) {
        for (i in 1:length(net$weights)) {
            ....
            grDevices::dev.new()
            plot.nn(net, rep = i, 
                    ....
        }
    }

我使用上面的 .... 省略了不相关的信息。基本上，如果您不指定 rep，neuralnet:::plot.nn 将打开新图形设备来绘制绘图。这会破坏 knitr 的图形记录，因为

1. 它打开了图形设备，但没有请求它们打开录制功能(通过 dev.control(displaylist = 'enable'))；
2. knitr默认使用自己的设备来录制图形；如果用户打开新设备，则不能保证knitr可以保存新绘图。一般来说，我不鼓励在绘图函数中操作图形设备。

我不是neuralnet包的作者，但我建议作者放弃dev.new()，或者至少让它成为有条件的，例如

if (interactive()) grDevices::dev.new()

我猜 dev.new() 调用的目的可能是在新窗口中显示绘图，但实际上并不能保证用户可以看到窗口。交互式 R session 的默认图形设备是窗口/屏幕设备(如果可用，例如 x11() 或 quartz())，但默认设备很可能已被用户或软件包作者更改。

我建议使用条件interactive()，因为对于非交互式 R session ，打开新的可能没有多大意义(默认情况下，离屏) )设备。