r - ggplot2 中的 topoplot – 例如的 2D 可视化脑电图数据

Question

可以使用ggplot2来生成所谓的拓扑图(通常用于神经科学)吗？

示例数据:

   label          x          y     signal
1     R3 0.64924459 0.91228430  2.0261520
2     R4 0.78789621 0.78234410  1.7880972
3     R5 0.93169511 0.72980685  0.9170998
4     R6 0.48406513 0.82383895  3.1933129

<强> Full sample data.

行代表各个电极。 x 和 y 列表示在 2D 空间中的投影，signal 列本质上是表示在给定电极处测量的电压的 z 轴。

stat_contour 不起作用，显然是由于网格不相等。

geom_密度_2d仅提供x和y的密度估计。

geom_raster 不适合此任务，或者我一定使用不正确，因为它很快就会耗尽内存。

平滑(如右图所示)和头部轮廓( Nose 、耳朵)不是必需的。

我想避免使用 Matlab 并转换数据，以便它适合这个或那个工具箱......非常感谢!

更新(2016 年 1 月 26 日)

我最接近我的目标是通过

library(colorRamps)
ggplot(channels, aes(x, y, z = signal)) + stat_summary_2d() + scale_fill_gradientn(colours=matlab.like(20))

生成这样的图像:

更新 2(2016 年 1 月 27 日)

我已经使用完整数据尝试了 @alexforrence 的方法，结果如下:

这是一个很好的开始，但有几个问题:

1. 最后一次调用 (ggplot()) 在 Intel i7 4790K 上大约需要 40 秒，而 Matlab 工具箱几乎可以立即生成这些结果；我上面的“紧急解决方案”大约需要一秒钟。
2. 正如您所看到的，中心部分的上下边框似乎被“切片”了 - 我不确定是什么原因导致的，但这可能是第三个问题。

3. 我收到这些警告:

   1: Removed 170235 rows containing non-finite values (stat_contour). 
   2: Removed 170235 rows containing non-finite values (stat_contour). 
   

更新 3(2016 年 1 月 27 日)

使用不同 interp(xo, yo) 和 stat_contour(binwidth) 值生成的两个图之间的比较:

如果选择低interp(xo, yo)，则会出现锯齿状边缘，在本例中是xo/yo = seq(0, 1, length = 100) :

Answer 1

这是一个可能的开始:

首先，我们将附加一些包。我正在使用akima进行线性插值，尽管 EEGLAB 看起来使用某种球形插值 here? (数据有点稀疏，无法尝试)。

library(ggplot2)
library(akima)
library(reshape2)

接下来，读入数据:

dat <- read.table(text = "   label          x          y     signal
1     R3 0.64924459 0.91228430  2.0261520
2     R4 0.78789621 0.78234410  1.7880972
3     R5 0.93169511 0.72980685  0.9170998
4     R6 0.48406513 0.82383895  3.1933129")

我们将插入数据，并将其粘贴在数据框中。

datmat <- interp(dat$x, dat$y, dat$signal, 
                 xo = seq(0, 1, length = 1000),
                 yo = seq(0, 1, length = 1000))
datmat2 <- melt(datmat$z)
names(datmat2) <- c('x', 'y', 'value')
datmat2[,1:2] <- datmat2[,1:2]/1000 # scale it back

我将借用以前的一些答案。下面的circleFun来自Draw a circle with ggplot2 .

circleFun <- function(center = c(0,0),diameter = 1, npoints = 100){
  r = diameter / 2
  tt <- seq(0,2*pi,length.out = npoints)
  xx <- center[1] + r * cos(tt)
  yy <- center[2] + r * sin(tt)
  return(data.frame(x = xx, y = yy))
}

circledat <- circleFun(c(.5, .5), 1, npoints = 100) # center on [.5, .5]

# ignore anything outside the circle
datmat2$incircle <- (datmat2$x - .5)^2 + (datmat2$y - .5)^2 < .5^2 # mark
datmat2 <- datmat2[datmat2$incircle,]

我真的很喜欢R plot filled.contour() output in ggpplot2中等高线图的外观。 ，所以我们借用那个。

ggplot(datmat2, aes(x, y, z = value)) +
  geom_tile(aes(fill = value)) +
  stat_contour(aes(fill = ..level..), geom = 'polygon', binwidth = 0.01) +
  geom_contour(colour = 'white', alpha = 0.5) +
  scale_fill_distiller(palette = "Spectral", na.value = NA) + 
  geom_path(data = circledat, aes(x, y, z = NULL)) +
  # draw the nose (haven't drawn ears yet)
  geom_line(data = data.frame(x = c(0.45, 0.5, .55), y = c(1, 1.05, 1)), 
            aes(x, y, z = NULL)) +
  # add points for the electrodes
  geom_point(data = dat, aes(x, y, z = NULL, fill = NULL), 
             shape = 21, colour = 'black', fill = 'white', size = 2) +
  theme_bw()

<小时/>

通过评论中提到的改进(在 interp 调用中设置 extrap = TRUE 和 linear = FALSE 来填补空白并执行分别进行样条平滑，并在绘图之前删除 NA)，我们得到:

<小时/>

mgcv 可以做球面样条。这取代了 akima (包含 interp() 的 block 不是必需的)。

library(mgcv)
spl1 <- gam(signal ~ s(x, y, bs = 'sos'), data = dat)
# fine grid, coarser is faster
datmat2 <- data.frame(expand.grid(x = seq(0, 1, 0.001), y = seq(0, 1, 0.001)))
resp <- predict(spl1, datmat2, type = "response")
datmat2$value <- resp