r - 使用 ggmap/ggplot2 在 map 上按组绘制等高线

Question

所以我认为我有一个非常简单的问题，但我无法在任何地方找到答案。

我有很多包含龙虾捕获量的数据。一切看起来都很像这样。

                        Trip.ID Latitude Longitude            DateTime               ML6      TotalNephropsLandings
16409 OTB_CRU_32-69_0_0DK102831   57.931     9.277 2012-10-04 19:02:00 OTB_CRU_32-69_0_0                 0.2188619
16410 OTB_CRU_32-69_0_0DK102831   57.959     9.375 2012-10-04 21:02:00 OTB_CRU_32-69_0_0             0.2188619
16411 OTB_CRU_32-69_0_0DK102831   58.201    10.232 2012-10-04 02:00:00 OTB_CRU_32-69_0_0              0.2188619
16412 OTB_CRU_32-69_0_0DK102831   58.208    10.260 2012-10-04 03:00:00 OTB_CRU_32-69_0_0             0.2188619
16413 OTB_CRU_32-69_0_0DK102831   58.169    10.078 2012-10-03 23:00:00 OTB_CRU_32-69_0_0               0.2188619
16414 OTB_CRU_32-69_0_0DK102831   57.919     9.227 2012-10-04 18:00:00 OTB_CRU_32-69_0_0             0.2188619

我想做的只是根据“ML6”列制作一张包含区域周围轮廓的 map ，这是用于钓鱼的不同工具。

我尝试使用 geom_densis2d，它看起来像这样: 然而我真的不想展示密度，只想展示它们存在的地方。因此，基本上一条线围绕一组坐标，这些坐标来自 ML6 中的同一级别。有人能帮我解决这个问题吗？

如果有替代方案将它们也填充为多边形，那就太好了。但也许可以使用“fill=”简单地完成。

如果有人知道如何在没有 R 的情况下做到这一点，也欢迎您提供帮助，但那样我可能需要更深入的信息。

很抱歉没有生成更多的数据框...

当然，我应该生成我的情节代码，所以这里基本上是:

#Get map
 map <- get_map(location=c(left= 0, bottom=45, right=15 ,top=70), maptype = 'satellite')
ggmap(map, extent="normal") + 
  geom_density2d(data = df, aes(x=Longitude, y=Latitude, group=ML6, colour=ML6))

Answer 1

可能有更好的方法来完成这项工作。但是，这是我为您提供的方法。我希望这种方法适用于 ggmap以及。鉴于我有时间，这是我对你最好的。由于您的样本数据太小，我决定使用我自己的部分数据。您要做的就是查看ggplot_build(objectname)$data[1] 。 (看起来，当您使用 ggmap 时，数据将在 ggplot_build(object name)$data[4] 中。)例如，创建一个像这样的对象。

foo <- ggmap(map, extent="normal") + 
       geom_density2d(data = df, aes(x=Longitude, y=Latitude, group=ML6, colour=ML6))

然后，输入 ggplot_build(foo)$data[1] 。您应该看到一个数据框 ggplot正在使用。将有一个名为 level 的列。具有最小级别值的数据子集。我正在使用filter来自dplyr 。例如，

foo2 <- ggplot_build(foo)$data[1]
foo3 <- filter(foo2, level == 0.02)

foo3 现在有数据点，允许您在 map 上画线。该数据包含关卡最外圈的数据点。你会看到类似这样的东西。

#     fill level        x         y piece group PANEL
#1 #3287BD  0.02 168.3333 -45.22235     1 1-001     1
#2 #3287BD  0.02 168.3149 -45.09596     1 1-001     1
#3 #3287BD  0.02 168.3197 -44.95455     1 1-001     1

然后，您将执行如下操作。就我而言，我没有谷歌地图。我有新西兰的 map 数据。所以我用第一个 geom_path 画这个国家。第二个geom_path就是你需要的。确保将 lon 和 lat 更改为 x 和 y，如下所示。这样我认为您就拥有了想要的圆圈。

# Map data from gadm.org
NZmap  <- readOGR(dsn=".",layer="NZL_adm2")
map.df <- fortify(NZmap)

ggplot(NULL)+
geom_path(data = map.df,aes(x = long, y = lat, group=group), colour="grey50") +
geom_path(data = foo3, aes(x = x, y = y,group = group), colour="red")

更新

这是另一种方法。在这里我使用了我的答案 this post 。您基本上可以确定数据点来绘制圆(多边形)。我在帖子里有一些链接。请看一看。您可以了解循环中发生了什么。抱歉很短。但是，我认为这种方法可以让你画出你想要的所有圆圈。请记住，结果可能不是像轮廓那样光滑的圆圈。

library(ggmap)
library(sp)
library(rgdal)
library(data.table)
library(plyr)
library(dplyr)

### This is also from my old answer.
### Set a range
lat <- c(44.49,44.5)                
lon <- c(11.33,11.36)   

### Get a map
map <- get_map(location = c(lon = mean(lon), lat = mean(lat)), zoom = 14,
   maptype = "satellite", source = "google")

### Create pseudo data.
foo <- data.frame(x = runif(50, 11.345, 11.357),
                  y= runif(50, 44.4924, 44.4978),
                  group = "one",
                  stringsAsFactors = FALSE)

foo2 <- data.frame(x = runif(50, 11.331, 11.338),
                   y= runif(50, 44.4924, 44.4978),
                   group = "two",
                   stringsAsFactors = FALSE)

new <- rbind(foo,foo2)

### Loop through and create data points to draw a polygon for each group.
cats <- list()

for(i in unique(new$group)){

foo <- new %>%
       filter(group == i) %>%
       select(x, y)

ch <- chull(foo)
coords <- foo[c(ch, ch[1]), ]

sp_poly <- SpatialPolygons(list(Polygons(list(Polygon(coords)), ID=1)))

bob <- fortify(sp_poly)

bob$area <- i

cats[[i]] <- bob
}

cathy <- as.data.frame(rbindlist(cats))

ggmap(map) +
geom_path(data = cathy, aes(x = long, y = lat, group = area), colour="red") +
scale_x_continuous(limits = c(11.33, 11.36), expand = c(0, 0)) +
scale_y_continuous(limits = c(44.49, 44.5), expand = c(0, 0))