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我正在尝试使用 heatmap.2 函数从二进制矩阵创建热图,并从热图中提取树状图,并将树状图保存为 newick 文件格式。该矩阵的行是基因组,列是基因。
为此,我运行以下代码。
library(ggdendro)
library(ape)
library(gplots)
library(vegan)
profile <-as.data.frame(read.delim("profile_file.txt",row.names=1,sep="\t", as.is=T))
dist_func<-function(x) vegdist(x,"jaccard",binary=TRUE)
hclust_func<-function(x) hclust(x,method="ward.D2")
heat<-heatmap.2(as.matrix(profile),Rowv=TRUE,Colv=TRUE,distfun=dist_func,hclustfun=hclust_func,trace="none")
row.dendro<-heat$rowDendrogram
row.hcclust<-as.hclust(row.dendro)
row.phylo<-as.phylo(row.hcclust)
write.tree(phy=row.phylo, file="tree_file.nwk")
当我尝试运行完整配置文件时,此代码运行良好。但是当我减少基因列的数量时,我在尝试将树形图转换为 hclust 对象的步骤中遇到错误。
row.hcclust<-as.hclust(row.dendro)
Error: all(vapply(s, is.integer, NA)) is not TRUE
我尝试在数据集中查找任何“NA”值,但没有任何值,否则它也不应该适用于完整数据集。
有人可以帮我解决这个错误吗?或者建议发生此错误的原因可能是什么?
最佳答案
heatmap.2 使用 hclust 构建树状图。如果您想要的只是树状图,则没有理由使用它。如果原因是您想要树状图的排序,只需使用 dendextend package 中的排序即可以获得您想要的订单。否则,就留在 hclust 吧。方法如下:
library(ape); library(vegan);
library(magrittr) # for the pipes: %>%
profile <- as.data.frame(read.delim("profile_file.txt",row.names=1,sep="\t", as.is=T))
row_hclust <- profile %>% as.matrix %>% t %>% vegdist("jaccard",binary=TRUE) %>% hclust(method="ward.D2")
row.phylo <- as.phylo(row_hclust)
write.tree(phy=row.phylo, file="tree_file.nwk")
关于r - 从热图中提取树状图时出错,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/36482253/
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