r - 如何安全地使用coxph和子集或权重？

Question

我正在尝试对coxph安全地使用purrr:::，以便捕获错误消息。我制作了一个安全的Coxph版本，如下所示

library(survival)
library(purrr)

coxph_safe <- safely(coxph)

当我的唯一输入是公式和数据时，此方法非常有效，但是，如果添加其他输入(例如子集或权重)，则会收到以下错误消息:

eval(substitute(subset)，data，env)中的simpleError:.. 3在不正确的上下文中使用，没有...查找

有人需要额外的输入时，有人知道如何安全地应用到coxph吗？使用静默方式(而不是安全方式)以及创建lm的安全版本并指定一个子集时，也会遇到相同的错误。我正在使用R 3.6.1和purrr 0.3.2。现在，我已经编程了一种解决方法，在应用coxph_safe之前我先对数据进行了子集化，但是最好知道是否有更好的解决方案。

这是一个简单的例子:

test1 <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3), 
              status=c(1,1,1,0,1,1,0), 
              x=c(0,2,1,1,1,0,0), 
              sex=c(0,0,0,0,1,1,1))

# Without subset
coxph(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected
coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected

# With subset
coxph(Surv(time, status) ~ x, test1, subset = !sex) # Works as expected
coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1, subset = !sex) # Error!

编辑

与此相关的是，将方差分析应用于通过coxph_safe生成的coxph对象时，也会遇到类似的错误。

cox_1 <- coxph(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected
anova(cox_1) # Works as expected

cox_1s <- coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1) # Works as expected
anova(cox_1s$result) # Error in is.data.frame(data) : ..2 used in an incorrect context, no ... to look in

据我所知，这与调用的存储方式有关。我可以通过覆盖通话来解决它。

cox_1$call # coxph(formula = Surv(time, status) ~ x, data = test1)
cox_1s$result$call # .f(formula = ..1, data = ..2)
cox_1s$result$call <- cox_1$call
anova(cox_1s$result) # Now works as expected

有没有更好的办法解决这个问题？

Answer 1

实际上，这与purrr::safely无关。问题是函数嵌套。考虑:

f <- function(...) {coxph(...)}

f(Surv(time, status) ~ x, test1)               # Works
f(Surv(time, status) ~ x, test1, subset=!sex)  # Error

失败的真正原因与 the behavior of substitute() inside nested functions有关。 coxph()使用 substitute()，并且 safely()创建一个嵌套函数，导致我的链接中描述的场景。

为了解决此问题，我们需要将 coxph()包装到可以正确处理非标准评估(NSE)的函数中:

coxph_nse <- function(...) {eval(rlang::expr(coxph( !!!rlang::enexprs(...) )))}

新函数不再遇到相同的嵌套问题，可以安全地传递给 safely():

coxph_safe <- safely(coxph_nse)

coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1)                     # works
cx1 <- coxph_safe(Surv(time, status) ~ x, test1, subset=!sex) # now also works!

anova(cx1$result)                                             # works as well!