bioinformatics - 如何设置不同颜色的 Cytoscape 网络节点中心？

Question

我有一个网络 ( figure A ), .

在这个图中，每个节点中心(我很困惑，它是一个子节点吗？)的颜色与节点填充颜色不同，我该怎么做？谢谢你。

Answer 1

有趣的图。光是看着，我就可以想象出几种方法来获得这种效果。然而，这不是 Cytoscape 的常见可视化，所以我保证实际使用了这些方法中的哪些(如果有的话)。

分离节点。可以创建额外的节点，将它们放置在其他节点的中心并完成此操作。然而，这听起来容易出错，不推荐使用，尤其是对于具有多个节点的网络。

节点边界。您可以将边框厚度和颜色映射到独立于节点填充的列。这可能是我显示这些数据的方式。然而，鉴于他们节点上的黑色细边框，我怀疑他们没有这样做。

饼状图。您可以使用增强型图形应用程序 ( http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics ) 在节点中心创建实心圆(例如，单个值)。该应用程序支持高度可定制的语法，因此您可以独立于节点大小来调整每个饼图的大小。这不是最简单的方法，但它会给你你看到的图像。

当然，您可以使用 RCy3 ( https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html ) 在 R 中以编程方式执行这些选项中的任何一个。请参阅以下功能:

setNodeColorMapping

setNodeSizeMapping

setNodeBorderColorMapping

setNodeBorderWidthMapping

和小插曲，如:

Overview

Custom Graphics (跳到增强图形部分)