r - 如何从 Ensembl 检索染色体上基因的起始值和终止值

Question

假设我有一个名为“Tlr6”的基因(见下图)，我想知道如何在 R 中检索染色体上该基因的起始值和终止值？例如图中，起始值为64952031，结束值为64960097。

图片网址为here 。这里的基因名称是 Tlr6，Ensembl ID 是 ENSMUSG00000051498。我可以使用这些信息将开始值和结束值读入 R 吗？

Answer 1

您可以使用 Bioconductor 中的 biomaRt 包来执行此操作:

#skip this if the package is already installed
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")

library(biomaRt)
#select the ensembl mouse dataset
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="mmusculus_gene_ensembl")


getBM(attributes=c("ensembl_gene_id","start_position","end_position"),
  filters="ensembl_gene_id",values = "ENSMUSG00000051498",mart=ensembl)

有关该包的更多信息 here 。