mpi - 无法通过 mpirun 使用所有核心

Question

我正在桌面上测试一个简单的 MPI 程序(Ubuntu LTS 16.04/Intel® Core™ i3-6100U CPU @ 2.30GHz × 4/gcc 4.8.5/OpenMPI 3.0.0)，但 mpirun 不允许使用我机器上的所有核心 (4)。当我运行时:

$ mpirun -n 4 ./test2

我收到以下错误:

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There are not enough slots available in the system to satisfy the 4 slots
that were requested by the application:
  ./test2

Either request fewer slots for your application, or make more slots available
for use.
--------------------------------------------------------------------------

但是如果我运行:

$ mpirun -n 2 ./test2

一切正常。

我从其他答案中看到，我可以使用它来检查处理器的数量

cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l

这告诉我我有 4 个处理器。我对超额订阅不感兴趣，我只想能够使用我的所有处理器。有人可以帮忙吗？

Answer 1

您的处理器有 4 个超线程，但只有 2 个核心(请参阅规范 here)。

默认情况下，Open MPI 每个核心不会运行多个 MPI 任务。您可以使用以下选项让 Open MPI 每个超线程最多运行一个 MPI 任务

mpirun --use-hwthread-cpus ...

FWIW

您提到的命令报告超线程的数量。

了解机器拓扑的更好方法是通过 hwloc 包中的 lstopo 命令。

在 OS X 上，MPI 任务不绑定(bind)在内核或线程上，因此，如果您在 Mac 上运行，--oversubscribe -np 4 将导致相同的结果。