r - 通过 cron 运行脚本时无法识别来自 RSudio Server 的 pandoc

Question

在服务器上，我希望 cron 运行 R 脚本，该脚本使用 rmarkdown 呈现 HTML 页面。 RStudio 服务器已安装。用户 mark 的 crontab 条目是:

* * * * * Rscript R/test.R >> /tmp/cron.log 2>&1

测试.R:

library(rmarkdown)
getwd()
render("R/test.Rmd")

cron.log 文件显示

[1] "/home/mark"
Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found.
Execution stopped

但是，从控制台运行 test.R 工作正常:

Rscript R/test.R 

使用符号链接(symbolic link) described here 将 pandoc 的 RStudio 服务器版本添加到 usr/local/bin 中)。在控制台中检查 pandoc 版本给出

mark@myserver:$ pandoc -v
pandoc 1.15.2

这不是日志文件中的旧版本。此外，似乎找到了二进制文件

mark@myserver:$ which pandoc
/usr/local/bin/pandoc

我不确定发生了什么事。有什么想法吗？

Answer 1

很可能 /usr/local/bin 已添加到 bash shell 中的 $PATH 中，但您的 cron 作业并未在 bash 下运行，因此路径上没有 pandoc。要测试这个假设，请将这些行添加到您的 R 文件中:

Sys.getenv("PATH")
Sys.which("pandoc")

如果确实如此，您可以将 R 脚本适本地附加到 $PATH 中，或者让 cron 在 bash shell 下运行该作业。

如果所有其他方法都失败，您可以设置RSTUDIO_PANDOC:

Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC = "/usr/local/bin/pandoc")