r - Conda 使用 MKL 安装必需品

Question

在我的 RHEL 服务器上，我没有管理员权限，但我可以创建 Conda 环境。我想创建一个使用英特尔 MKL(英特尔® 数学内核库)运行 R 的 Conda 环境。

我使用R_defaults.yml创建环境，运行$> conda env create --file R_defaults.yml:

name: R_defaults
channels:
  - defaults
  - conda-forge
dependencies:
  - pkgs/r::r-essentials=3.6.0=r36_0

激活环境、启动 R 和 sessionInfo() 我发现 MKL 未使用:

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Server 7.7 (Maipo)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/geiringe/miniconda3/envs/R_r/lib/R/lib/libRblas.so

Microsoft R Open ( https://mran.microsoft.com/download ) 可以通过 MKL 进行安装。

Anaconda 似乎改变了对 Microsoft R Open 的看法。 2018 年 6 月，据说它成为 Anaconda 发行版的默认 R ( https://www.anaconda.com/introducing-microsoft-r-open-as-default-r-for-anaconda-distribution/ )。现在他们希望我们从 Microsoft R Open 迁移，并且他们不会更新 MRO 软件包 ( https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/tasks/using-r-language/#switch-an-environment-from-r-to-mro )。 r::mro-base 的最新版本是 3.5.1，已有 1 年多了。 r::r-essentials 最新版本为 3.6.0

有没有办法让我使用更新版本的 R 和 MKL 创建 Conda 环境？

Answer 1

Anaconda r channel 已多年未更新 - 不要使用它。 Conda R 用户应使用 Conda Forge 作为优先 channel 。要指定 BLAS/LAPACK 变体，可以使用 blas 元包。以下 YAML 实现了这些建议:

r_mkl.yaml

name: r_mkl
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - r-base=4.2    ## specify desired R version
  - r-essentials
  - blas=*=*mkl*

然后可以像这样使用:

conda create -n r42_mkl -f r_mkl.yaml

在 osx-64 上运行此程序，激活环境中 R -e "sessionInfo()" 的输出显示:

R version 4.2.2 (2022-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur ... 10.16

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /Users/mfansler/miniconda3/envs/r42_mkl/lib/libmkl_rt.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.2.2

这在 linux-64 上的表现应该非常相似。