r - 从 nlme/lme4 输出中提取固定效应的 p 值

Question

我试图从混合效应模型的摘要调用创建的对象中包含的固定效应表中提取各个元素(特别是 p 值)。

玩具数据:

set.seed(1234)
score <- c(rnorm(8, 20, 3), rnorm(8, 35, 5))
rep <- rep(c(0,1,2,3), each = 8)
group <- rep(0:1, times = 16)
id <- factor(rep(1:8, times = 4))

df <- data.frame(id, group, rep, score)

现在创建一个模型

require(nlme)

modelLME <- summary(lme(score ~ group*rep, data = df, random = ~ rep|id))

modelLME

当我们调用它时，我们会得到输出

Linear mixed-effects model fit by REML
 Data: df 
       AIC      BIC    logLik
  219.6569 230.3146 -101.8285

Random effects:
 Formula: ~rep | id
 Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
            StdDev       Corr  
(Intercept) 2.664083e-04 (Intr)
rep         2.484345e-05 0     
Residual    7.476621e+00       

Fixed effects: score ~ group * rep 
                Value Std.Error DF   t-value p-value
(Intercept) 22.624455  3.127695 22  7.233587  0.0000
group       -1.373324  4.423229  6 -0.310480  0.7667
rep          2.825635  1.671823 22  1.690152  0.1051
group:rep    0.007129  2.364315 22  0.003015  0.9976
 Correlation: 
          (Intr) group  rep   
group     -0.707              
rep       -0.802  0.567       
group:rep  0.567 -0.802 -0.707

Standardized Within-Group Residuals:
        Min          Q1         Med          Q3         Max 
-1.86631781 -0.74498367  0.03515508  0.76672652  1.91896578 

Number of Observations: 32
Number of Groups: 8 

现在我可以通过以下方式提取固定效应的参数估计

fixef(modelLME)

但是如何提取 p 值？

要提取整个随机效应表，我们将调用

VarCorr(modelLME)

然后通过子集函数[,]提取该表中的各个元素。但我不知道用于固定效果的 VarCorr() 等效函数是什么。

Answer 1

您可以使用以下方式提取 p 值:

modelLME$tTable[,5]

    (Intercept)           group             rep       group:rep 
0.0000003012047 0.7666983225269 0.1051210824864 0.9976213300628 

通常，查看 str(modelLME) 有助于找到不同的组件。