r - 使用自动绘图显示非默认主成分 (ggfortify)

Question

我想使用 ggfortify 包的 autoplot() 函数绘制 PC2 与 PC3 的关系图。默认情况下仅显示 PC1 和 PC2:

library(ggfortify)
myPCA <- prcomp(iris[-5])
autoplot(myPCA)

我可以通过重新排序和重命名 prcomp 对象中的列来获得我想要的内容:

myPCAtrunc <- myPCA
myPCAtrunc[[1]] <- myPCAtrunc[[1]][c(2,3,1,4)]
myPCAtrunc[[2]] <- myPCAtrunc[[2]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[2]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
myPCAtrunc[[5]] <- myPCAtrunc[[5]][,c(2,3,1,4)]
colnames(myPCAtrunc[[5]]) <- c("PC1","PC2","PC3","PC4") # fake names
autoplot(myPCAtrunc, xlab = "PC2", ylab="PC3")

我知道它是正确的，因为它与 plot(myPCA$x[, c(2,3)]) 相同。

但必须有一种更简洁的方法来解决它。有什么想法吗？

Answer 1

此问题最近已解决 ( here )。

autoplot(myPCA,    # your prcomp object
         x = 2,    # PC2
         y = 3)    # PC3