r - 在使用 biomaRt 库的函数的上下文中调用变量的意外结果

Question

我有一个一般性问题，我认为它归结为某种范围界定问题。

下面是使用 biomaRt 的 getSequence() 函数的公式片段。用户在自定义函数中输入 (1) 基因名称，以及可选的 (2) 要导入的上游碱基对数量。

# Load libraries
library(biomaRt)
# Let's make a custom "getSequence" function
getUpstream <- function(x, bp.upstream = 50){
    bp.upstream <- bp.upstream
    ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
    upstream.master <- NULL
    for(i in x){
        upstream.i <- getSequence(id = i,
            type = "hgnc_symbol",
            seqType = "coding_gene_flank",
            upstream = bp.upstream,
            mart = ensembl
        )
        upstream.master <- rbind(upstream.master, upstream.i)
    }
    return(upstream.master)
}

假设我使用此函数运行搜索而不指定上游碱基对的数量，例如:

getUpstream("NOTCH4")

出乎意料的是，没有这行函数就不起作用了:

bp.upstream <- bp.upstream

诸如 print(bb.upstream) 之类的其他行也会使代码正常工作。

我认为 bp.upstream 会在我调用该函数时得到定义，因此一旦调用 getSequence 就会设置 upstream=50。谁能帮我理解为什么不呢？

Answer 1

这是避免范围问题的解决方法。

# Load libraries
library(biomaRt)
# Let's make a custom "getSequence" function
 getUpstream <- function(x, bp.upstream = 50){
  ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
  upstream.master <- lapply(x, function(i,stream)
                         getSequence(id = i,
                              type = "hgnc_symbol",
                              seqType = "coding_gene_flank",
                              upstream = stream,
                              mart = ensembl),stream=bp.upstream)


  upstream.master
}