r - 将 colClasses 分配给长度未知的数据框中的某些列

Question

我有许多数据文件正在以 CSV 格式读入 R。我想指定这些数据文件中某些列的 colClasses，但数据框的长度未知，因为它们包含物种丰度数据(因此，物种数量不同)。

有没有一种方法可以使用 read.csv 中的 colClasses 将前 10 列之后的每一列设置为数字(因此，ncol[10]:length(df))？

这是我尝试过的，但无济于事:

df <- read.csv("file.csv", header=T, colClasses=c(ncols[10], rep("numeric", ncols)))

如有任何帮助，我们将不胜感激。

谢谢，保罗

Answer 1

我会首先使用 count.fields 来确定数据中有多少列。您可以在第一行执行此操作。

然后，您可以从那里为您的 colClasses 使用 rep。

这很糟糕，但有效。这是一个例子:

前几行只是为了在您的工作区中创建一个虚拟 csv 文件，因为您没有提供可重现的示例。

X <- tempfile()
cat("A,B,C,D,E,F",
    "1,2,3,4,5,6",
    "6,5,4,3,2,1", sep = "\n", file = X)

这就是真正的答案开始的地方。在下面的两个地方用您的实际文件名替换“x”。 -2 是因为我们已经考虑了两列。

Y <- read.csv(X, colClasses = c(
  "numeric", "numeric", rep("character", count.fields(textConnection(
    readLines(X, n=1)), sep=",")-2)))

# Y <- read.csv("file.csv", colClasses = c(
#   "numeric", "numeric", rep(
#     "character", count.fields(readLines(
#       "file.csv", n = 1), sep = ",")-2)))

str(Y)
# 'data.frame':  2 obs. of  6 variables:
#  $ A: num  1 6
#  $ B: num  2 5
#  $ C: chr  "3" "4"
#  $ D: chr  "4" "3"
#  $ E: chr  "5" "2"
#  $ F: chr  "6" "1"