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我一直在使用 Limma 包中的 makeContrasts 函数来创建对比,并且我了解如何进行简单的对比,例如将每个治疗与对照进行独立比较或比较两种治疗:
makeContrasts(A_vs_Ctrl = "A - Control", B_vs_Ctrl = "B - Control",
C_vs_Ctrl = "C - Control", A_vs_B = "A - B",
levels = c("Control", "A", "B", "C"))
Contrasts
Levels A_vs_Ctrl B_vs_Ctrl C_vs_Ctrl A_vs_B
Control -1 -1 -1 0
A 1 0 0 1
B 0 1 0 -1
C 0 0 1 0
我的问题是,当每种治疗相对于对照进行考虑时,如何对两种治疗之间的对比进行编码?例如,我想确定 A_vs_Ctrl
和 B_vs_Ctrl
之间何时存在差异;这个想法是,这将表明治疗A
和治疗B
何时以不同的方式而不是相同的方式与Control
条件不同。我对此的尝试如下,但我认为这是不正确的,并且我无法理解如何在对比中正确编码该假设。
makeContrasts(AvsCtrl_VS_BvsCtrl = "(A - Control)/2 - (B - Control)/2",levels=c( "Control","A","B","C"))
Contrasts
Levels AvsCtrl_VS_BvsCtrl
Control 0.0
A 0.5
B -0.5
C 0.0
最佳答案
你问的是A的效果与B的效果是否不同,即A-C = B-C。但这与询问是否 A = B 相同。我认为您的 A_vs_B 对比已经回答了您的问题。
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!