r - 如何使用栅格列表创建栅格马赛克？

Question

我需要创建几个光栅马赛克。我在 64 位 Windows 计算机上使用 Package raster 版本 2.0-31。我相信我已经做了功课，检查了所有可能的博客并向一些同事询问了这个问题，但仍然找不到解决方案。

我遇到的问题是，如果我的网格列在栅格对象中，我无法创建马赛克。我发现this example我虽然可以申请，但不行，我收到一条奇怪的错误消息。下面的例子代表了我的问题:

r <- raster()
r1 <- crop(r, extent(-10, 10, -10, 10))
r2 <- crop(r, extent(0, 20, 0, 20))
r3 <- crop(r, extent(10, 30, 10, 30))

r1[] <- 1:ncell(r1)
r2[] <- 1:ncell(r2)
r3[] <- 1:ncell(r3)
rasters1 <- list(r1, r2, r3)

mos <- mosaic(rasters1,fun=mean)

这是我得到的错误:

Error in function (classes, fdef, mtable) :unable to find an inherited method for function ‘mosaic’ for signature ‘"list", "missing"’

我还尝试了 here 中建议的功能，但也没有用。

fmerge <- function(rasters1, fun, ...){
  ex <- raster(union(rasters1))
  res(ex) <- res(rasters1[[1]])
  for( i in 1:length(rasters1) )
    rasters[[i]] <- merge(rasters1[[i]], ex)
  rasters <- stack(rasters1)
  fun(rasters1, ...)
}

rfm <- fmerge(rasters1, mean, na.rm=T)

这是错误消息:

Error in raster(union(rasters1)) :error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'raster': Error in as.vector(y) : argument "y" is missing, with no default

Answer 1

这似乎是较新版本的栅格中的回归。您的示例代码在栅格 1.9-70(和 R 2.13.1)中按预期运行，但给出与栅格 2.0-41(广告 R 2.15.3)中收到的相同错误。您可能希望向维护者 Robert J. Hijmans 发送电子邮件以指出这一点。

与此同时，这个问题是可以解决的。查看 mosaic in raster 1.9-70 之间的代码差异和 mosaic in raster 2.0-41 ，您可以看到接受列表的方法已被删除。相反，现在只有一种接受单个栅格的方法。因此，如果您有很多栅格，您应该像这样调用该函数:

mos1 <- mosaic(r1, r2, r3, fun=mean)

但是，如果您正在构建要动态镶嵌的栅格列表，则这不是很方便。 R 确实有一个辅助函数 do.call 可以在这种情况下为您提供帮助。 do.call 的作用是获取一个函数和一个列表，然后使用列表中的项目作为参数来调用该函数。因此，只要将 fun=mean 添加到参数列表中，就可以使用它:

rasters1.mosaicargs <- rasters1
rasters1.mosaicargs$fun <- mean
mos2 <- do.call(mosaic, rasters1.mosaicargs)

您可以仔细检查这两种方法是否给出相同的结果:

stopifnot(identical(mos1, mos2))

这可以包装成一个简单的便利函数，并绑定(bind)到相关的调用签名，因此您的原始代码将无需修改即可工作:

setMethod('mosaic', signature(x='list', y='missing'), 
function(x, y, fun, tolerance=0.05, filename=""){
    stopifnot(missing(y))
    args <- x
    if (!missing(fun)) args$fun <- fun
    if (!missing(tolerance)) args$tolerance<- tolerance
    if (!missing(filename)) args$filename<- filename
    do.call(mosaic, args)
})