r - 错误: Invalid grouping factor specification

Question

我尝试使用 glmer 来模拟珊瑚补充，但在重新缩放变量后运行模型时出现错误“错误:无效的分组因素规范，站点”。非常感谢帮助

m1<-glmer(Tot~cs.Tile(Tile)+cs.Coral_T(Coral_T)+cs.Sponge(Sponge)+
cs.Turf(Turf)+cs.Acro(Acro)+cs.Por(Por)+cs.Poc(Poc)+
cs.Mer(Mer)+cs.Agar(Agar)+cs.Fav(Fav)+
cs.Den(Den)+cs.Sid(Sid)+cs.CCA(CCA)+cs.Soft(Soft)+
  (1|Site), 
family=poisson, data=data)

我有 16 个变量和 368 个观测点:

str(data)
'data.frame':   368 obs. of  16 variables:
 $ Site   : Factor w/ 25 levels "Eight","Eighteen",..: 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 ...
 $ Tile   : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ Tot    : int  28 24 17 13 29 19 6 13 14 4 ...
 $ Coral_T: num  32.6 32.6 32.6 32.6 32.6 ...
 $ Sponge : num  0.206 0.206 0.206 0.206 0.206 ...
 $ Turf   : num  32.3 32.3 32.3 32.3 32.3 ...
 $ Acro   : num  3.45 3.45 3.45 3.45 3.45 ...
 $ Por    : num  1.15 1.15 1.15 1.15 1.15 ...
 $ Poc    : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ Mer    : num  0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 0.175 ...
 $ Agar   : num  24.2 24.2 24.2 24.2 24.2 ...
 $ Fav    : num  1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 ...
 $ Den    : num  1.18 1.18 1.18 1.18 1.18 ...
 $ Sid    : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ CCA    : num  0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 ...
 $ Soft   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

Answer 1

我在调用 update.merMod 时遇到了同样的错误，也是在重新缩放变量之后。在深入挖掘 traceback() 堆栈并使用缩放和未缩放的数据集翻查我在那里发现的内容后，我发现问题出现在模型框架的创建过程中，并且发生了因为我的缩放和居中算法未能考虑原始变量中的 NA 值。我最初按如下方式执行居中/缩放:

csData <- data %>% mutate(Var1 = (Var1 - mean(Var1) / sd(Var1),
                          Var2 = (Var2 - mean(Var2) / sd(Var2))

其中一个变量中有一些 NA 值，以这种方式对其进行缩放和居中会导致 中出现一个空(全部 NA)向量csData。随后(默默地)导致从 model.frame() 返回一个空帧。虽然空帧是引发错误的原因，但它(错误)的出现是因为我在重新缩放期间(错误)处理了变量中的 NA 值。设置 na.rm=TRUE 来调用 sd() 和 mean() 为我解决了这个问题:

csData <- data %>% mutate(Var1 = (Var1 - mean(Var1, na.rm=TRUE) / sd(Var1, na.rm=TRUE),
                          Var2 = (Var2 - mean(Var2, na.rm=TRUE) / sd(Var2, na.rm=TRUE))