python-3.x - 如何使用 nibabel 修改 mgh/dicom/nifti 文件的方向

Question

我很难为 3 个不同的 View (即冠状 View 、轴向 View 和矢状 View )找出合适的仿射变换，每个 View 都有如下不同的问题:

1:轴向彩色图与矢状原始 View 重叠。

2:类似地，Sagittal 彩色图与轴向原始图像重叠。

3:每个人都有一些方向问题，比如当彩色 map 和日冕的原始图像正确但方向错误时，这里最明显。

我正在保存发送到服务器的原始文件以进行某种预测，它会生成一个颜色图并返回该文件以进行可视化，稍后我将所有内容一起显示。

预测后在服务器中，这是保存文件的代码。

 nifti_img = nib.MGHImage(idx, affine, header=header)

而affine 和header 是从我发送的文件中提取的原始仿射和header。

我需要处理以 Numpy 数组格式保存原始数据的 "idx" 值，但不确定具体要做什么。此处需要帮助。

正在努力使用 nibabel python 库解决问题，但由于我对这些文件的工作原理和仿射变换的了解非常有限，我很难弄清楚应该做什么我这样做是为了使它们正确。

我在前端使用支持 threejs 的 AMI js，在后端使用 nibabel 和 python。任何地方的前端或后端解决方案都是可以接受的。

请帮忙。提前致谢。

Answer 1

img = nib.load(img_path)

# check the orientation you wanna reorient.
# For example, the original orientation of img is RPI,
# you wanna reorient it to RAS, the second the third axes should be flipped
# ornt[P, 1] is flip of axis N, where 1 means no flip and -1 means flip.
ornt = np.array([[0, 1],
                [1, -1],
                [2, -1]])

img_orient = img.as_reoriented(ornt)
nib.save(img_orient, img_path)