r - 基于 r 中的条件的子集列表

Question

我有一个数据框，如下所示:

df = read.table(text="S00001    S00002  S00003  S00004  S00005  S00006  
GG  AA  GG  AA  GG  AG  
CC  TT  TT  TC  TC  TT  
TT  CC  CC  TT  TT  TT  
AA  AA  GG  AA  AG  AA  
TT  CC  CC  TT  TC  TT  
GG  GG  GG  AA  GG  GG", header=T, stringsAsFactors=F)

我想计算每行具有相同字母(即“AA”、“CC”、“GG”或“TT”)的字符串的数量。我所做的是使用 table() 函数来计算所有元素，并根据列表名称是否为“同源”生成另一个列表。我尝试对列表进行子集化，但没有成功。这是我的脚本:

A <- apply(df,1, function(x) table(x))
B <- apply(df,1, function(x) (names(table(x)) %in% c("AA","CC","GG","TT")))
A[B] ## this didn't work

我希望生成一个数据框:

2 3
1 3
2 4
4 1
2 3
1 5

感谢任何帮助。

Answer 1

尝试映射。它将按顺序获取列表中的每个元素进行评估。 header 名称是自动生成的，您可以根据需要更改它们:

t(mapply('[', A, B))
     AA GG
[1,]  2  3
[2,]  1  3
[3,]  2  4
[4,]  4  1
[5,]  2  3
[6,]  1  5

正如 CathG 所提到的，您可以使用以下方法避免计算 B:

t(sapply(A, function(x){x[grepl("([A-Z])\\1", names(x))]}))